Termejä pinoamisgeeli ja erottava geeli käytetään SDS-PAGE-tekniikan selittämiseen. SDS-PAGE tai natriumdodekyylisulfaatti-polyakryyliamidigeelielektroforeesi on laboratoriotekniikka, jota käytetään proteiinimolekyylien erottamiseen niiden molekyylipainojen perusteella. Tekniikan taustalla oleva teoria on, että proteiinit, joilla on erilaiset molekyylipainot, osoittavat erilaisia siirtymiä; pienimolekyylipainoiset molekyylit muuttuvat nopeammin, kun taas suurimolekyylipainoiset molekyylit kulkevat hitaasti. Elatusaine migraatiolle on geeli. On olemassa kahden tyyppisiä geelejä, joita kutsutaan pinoamisgeeliksi ja erottavaksi geeliksi. avainero pinoamisgeelin ja erotusgeelin välillä on se pinoamisgeelin pH on 6,8, kun taas erotusgeelin pH on 8,8.
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on pinoamisgeeli
3. Mikä on erottava geeli
4. Pinoamisgeelin ja erottavan geelin välinen suhde
5. Vertailu rinnakkain - pinoamisgeeli vs. erottava geeli taulukkomuodossa
6. Yhteenveto
Pinoamisgeeli on vähän konsentroitu polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan väkevämmän erottelevan geelin (erottava geeli) päälle SDS-PAGE-tekniikalla. Pinoamisgeeliä käytetään parantamaan elektroforeesin erottelukykyä. Resoluutio kasvaa, koska pinoamisgeelin ja erottelevan geelin pitoisuuksien välillä on eroja, jotka vaikuttavat näytteen proteiineihin. Koska polyakryyliamidin pitoisuus pinoamisgeelissä on pieni, huokoskoko on suurempi. Tämä auttaa myös lisäämään erottelua.
Pinottava geeli on löysä polyakryyliamidigeeli, jonka suurissa huokosissa on noin 7% polyakryyliamidia. Nämä huokoset eivät toimi huomattavana esteenä suurille proteiinimolekyyleille. Siksi tämä geeli vaikuttaa hieman näiden proteiinien liikkuvuuteen. Tämä tekee erottamisen proteiinin liikkuvuuden ja koon mukaan keskittämällä ne kahden geelin väliin.
Kuva 01: SDS-PAGE-akryyliamidigeeli
Pinoamisgeelin pH on 6,8. Sen pH on hapan kuin geelin, joka erotetaan 2 pH-yksiköllä. Tämä pH merkitsee pienempää ionivahvuutta, joten suurempi sähköinen vastus. Tämä provosoi proteiinien liikkuvuutta kuin muut geelissä läsnä olevat varautuneet hiukkaset.
SDS-PAGE-tekniikan erottava geeli tai erottava geeli on erittäin väkevöity polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan matalakonsentroidun pinoamisgeelin päälle. Erottava geeli sisältää suuren määrän polyakryyliamidia (10%). Tämän geelin pH pidetään pH: ssa = 8,8, mikä on korkeampi pH-taso kuin pinoamisgeelin.
Kuva 02: Geelielektroforeesilaite
Kun proteiinimolekyylit saavuttavat erottelevan geelin, näiden molekyylien kulkeutuminen hidastuu, koska erottava geeli on korkea konsentraatiogeeli, jolla on pieni huokoskoko, joka voi toimia huomattavana esteenä proteiinimolekyylien liikkeelle. Tämä hidastaa sen avulla, että muut proteiinit siirtyvät hitaasti kiinni, johtaen kapeaan, väkevöityyn nauhaan kahden geelin väliin.
Pinoamisgeeli vs. erottava geeli | |
Pinottava geeli on vähän konsentroitua polyakryyliamidigeeliä, joka asetetaan väkevämmän erottelevan geelin (erottava geeli) päälle SDS-PAGE-tekniikalla. | SDS-PAGE-tekniikan erottava geeli tai erottava geeli on erittäin väkevöity polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan matalakonsentroidun pinoamisgeelin päälle.. |
sijoitus | |
Pinoamisgeeli asetetaan erottavaan (erottavaan) geeliin. | Erottava geeli asetetaan geelielektroforeesissa käytetyn säiliön pohjalle. |
keskittyminen | |
Pinoamisgeelin pitoisuus on korkea. | Erotusgeelin pitoisuus on alhainen. |
Polyakryyliamidipitoisuus | |
Pinoamisgeeli sisältää noin 7% polyakryyliamidia. | Erottava geeli sisältää noin 10% polyakryyliamidia. |
pH | |
Pinoamisgeelin pH on 6,8. | Erotusgeelin pH on 8,8. |
Huokoskoko | |
Pinoamisgeelissä on suuria huokoskokoja. | Erottavassa geelissä on pieniä huokoskokoja. |
päätöslauselma | |
Pinottava geeli antaa paremman resoluution. | Erottava geeli antaa huonon resoluution. |
Pinottava geeli ja erottava geeli ovat kahden tyyppisiä polyakryyliamidigeelejä, joita käytetään proteiinimolekyylien parempaan erotteluun tietyssä näytteessä. Pinoamisgeelin ja erotusgeelin välinen ero on se, että pinoamisgeelin pH on 6,8, kun taas erotusgeelin pH on 8,8.
1. ”Polyakryyliamidigeelielektroforeesi.” Polyakryyliamidigeelielektroforeesi (teoria): Molekyylibiologian virtuaalinen laboratorio II: Biotekniikka ja lääketieteellinen tekniikka: Amrita Vishwa Vidyapeetham Virtual Lab. Saatavilla täältä
2. ”Kuinka SDS-PAGE toimii.” Bitesize Bio, 16. helmikuuta 2018. Saatavilla täältä
3. ”SDS-PAGE-pinoamigeeli - BICH 608 (Polymenis-Pettigrew).” Google-sivustot. Saatavilla täältä
1.'SDS-PAGE Akryyliamidigeeli'By Bensaccount englanninkielisessä Wikipediassa (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta
2. 'Geelielektroforeesilaite' Jeffrey M. Vinocur - Oma työ, (CC-BY 2.5) Commons Wikimedian kautta