Ero SDS-sivun ja alkuperäisen sivun välillä

Keskeinen ero - SDS-sivu vs. alkuperäinen Sivu
 

SDS ja alkuperäinen sivu ovat kahden tyyppisiä polyakryyliamidigeelielektroforeesitekniikoita, joita käytetään molekyylibiologiassa. avainero SDS-sivun ja alkuperäisen sivun välillä on käytetty polyakryyliamidigeelityyppi. SDS-sivulla käytetään denaturoivaa geeliä, joten molekyylit erotetaan niiden molekyylipainon perusteella. Natiivisivulla sitä vastoin käytetään ei-denaturoivia geelejä. Siksi molekyylit erotetaan niiden koon, varauksen ja muodon perusteella.

Polyakryyliamidigeelielektroforeesissa (sivu) käytetään geeliä, joka on valmistettu polymeroimalla akryyliamidimonomeerejä metyleenibisakryyliamidilla. Polyakryyliamidi on kovempi ja lämmönkestävämpi kuin agaroosi. Polyakryyliamidigeeleillä on pienempi huokoskoko, joka mahdollistaa proteiinien tehokkaan erottamisen. Sivuasetustyyppejä on kahta päätyyppiä, nimittäin SDS-sivu ja Natiivisivu. SDS-sivu tai Natrium-dodekyylisulfaatti-polyakryyliamidigeelielektroforeesi erottaa proteiinit niiden molekyylipainojen perusteella. Denaturoivia geelejä käytetään SDS-sivulla. Native Page käyttää ei-denaturoivia geelejä ja erottaa proteiinit niiden koon, varauksen ja muodon perusteella (3D-muodonmuutos).

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on SDS-sivu
3. Mikä on alkuperäissivu
4. SDS-sivun ja alkuperäissivun väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - SDS-sivu vs. alkuperäissivu taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on SDS-sivu?

SDS-sivu on yleisin elektroforeettinen tekniikka, jota käytetään proteiinien erottamiseen niiden molekyylipainon perusteella. Geeli valmistetaan lisäämällä SDS (natriumdodekyylisulfaatti), joka on pesuaine. SDS hajottaa proteiinit monomeereiksi. SDS on anioninen pesuaine. Siksi se lisää negatiivisen nettovarauksen proteiineihin laajalla pH-alueella. Kun negatiivinen nettovaraus kohdistuu proteiinimolekyyleihin, varausvariaation vuoksi kompleksikomposiitit hajoavat. Negatiivisen varauksen takia proteiinit houkuttelevat kohti positiivista päätä. Siten pienemmän moolimassan molekyylit kulkevat nopeammin geelimatriisilla ja voidaan havaita lähellä anodia, kun taas suuremman molekyylipainon proteiineja havaitaan lähempänä kaivoja.

Kuva 01: SDS-sivu

SDS: n sitoutuminen polypeptidiketjuun on verrannollinen sen suhteelliseen molekyylimassaan. Siksi molekyylimassa voidaan määrittää myös SDS-sivulla. SDS Page -geelien värjäys tehdään bromifenolisinisellä värjäyksellä. SDS-sivun sovellukset vaihtelevat suuressa määrin, kun sitä voidaan käyttää arvioimaan suhteellinen molekyylimassa ja määrittämään proteiinien suhteellinen runsaus proteiiniseoksessa. SDS-sivua voidaan käyttää myös määrittämään proteiinien jakautuminen proteiiniseoksessa. SDS-sivua käytetään myös proteiinien puhdistamiseen ja arviointiin. Sitä käytetään alustavana menetelmänä Western-blottauksessa ja hybridisaatiossa, jota puolestaan ​​käytetään proteiinien kartoittamiseen ja tunnistamiseen.

Mikä on alkuperäissivu?

Natiivin polyakryyliamidigeelielektroforeesi (Native Page) käyttää ei-denaturoivaa geeliä. Siksi SDS: ää tai mitä tahansa muuta denaturointiainetta ei lisätä geelimatriisiin. Native Page -prosessissa proteiinien erottaminen perustuu proteiinin varaukseen ja kokoon. Siksi proteiinin liikkuvuus riippuu proteiinin varauksesta ja koosta.

Proteiinin varaus riippuu aminohappojen sivuketjuista. Jos sivuketjut ovat negatiivisesti varautuneita, proteiini saa yleisen negatiivisen varauksen ja päinvastoin. Proteiinit säilyttävät 3D-muodonmuutoksen johtuen tapahtuvasta taivutuksesta. Taitto johtuu proteiinien useista sidostyypeistä, kuten disulfidisidoksista, hydrofobisista vuorovaikutuksista ja vety- sidoksista. Siksi, jos natiivi-sivu kuljetetaan neutraalissa pH: ssa, proteiinit erotetaan proteiinin molekyylin muodon mukaan. Siksi Native-sivua voidaan käyttää herkkänä tekniikkana proteiinin varauksen tai konformaation muutoksen havaitsemiseksi.

Natiivin sivun tärkein etu on, että sivuanalyysiin käytetty proteiini voidaan ottaa talteen alkuperäisessä tilassaan sivuanalyysin jälkeen, koska proteiini ei häiritse prosessin aikana. Alkuperäinen sivu on suhteellisen korkea läpäisytekniikka, ja proteiinin stabiilisuus lisääntyy.

Kuva 02: Alkuperäinen sivu

Geeliajon päätyttyä Native Page -geeliä voidaan tarkastella värjäämällä bromifenolisinisellä tai millä tahansa muulla sopivalla värjäysreagenssilla. Alkuperäisen sivun sovellukset sisältävät happamien proteiinien erottamisen, mukaan lukien glykoproteiinit, kuten ihmisen rekombinantti erytropoietiini, tai naudan seerumialbumiinissa (BSA) olevien proteiinien tunnistamisen..

Mitkä ovat SDS-sivun ja alkuperäissivun väliset yhtäläisyydet?

• Sekä SDS- että Native Page -järjestelmät käyttävät polyakryyliamidigeeliä geelin matriisina.
• Molempia käytetään proteiinien erottamiseen ja tunnistamiseen.
• Molemmat käyttävät elektroforeettista liikkuvuutta yhdisteiden erottamiseen.
• Molemmat voidaan tehdä pystysuunnassa tai vaakasuunnassa (useimmiten pystysuorana sivuna, koska juoksupituus on enemmän).
• Elektroforeesilaite, mukaan lukien geelisäiliö, kampaa, virtalähde tarvitaan molempien tekniikoiden toimintaan.
• Geelin visualisointi voidaan tehdä värjäysmenetelmillä molemmissa tekniikoissa.

Mikä on ero SDS-sivun ja alkuperäissivun välillä?

SDS-sivu vs. alkuperäissivu
SDS-sivu tai natriumdodekyylisulfaattisivu erottaa proteiinit niiden molekyylipainon perusteella, ja se käyttää denaturoivaa geeliä.	Native Page käyttää ei-denaturoivia geelejä ja erottaa proteiinit niiden koon, varauksen ja muodon perusteella (3D-muodonmuutos).
Geelityyppi
Denaturointigeeliä käytetään SDS-sivulla.	Alkuperäisellä sivulla käytetään denaturoimatonta geeliä.
SDS: n läsnäolo
SDS on läsnä pesuaineena negatiivisen varauksen tuottamiseksi näytteelle SDS-sivulla.	SDS: tä ei ole alkuperäisellä sivulla.
Erotteluperusta
Proteiinien erottelu riippuu proteiinin molekyylipainosta SDS-sivulla.	Erottelu riippuu natiivisivun proteiinimolekyylin koosta ja muodosta.
Proteiinin stabiilisuus
Proteiinin stabiilisuus on heikko SDS-sivulla.	Proteiinien stabiilisuus on korkea alkuperäisellä sivulla.
Alkuperäisen proteiinin talteenotto
Ei mahdollista, koska se on denaturoitu SDS-sivulla.	Mahdollinen omalla sivulla.

Yhteenveto - SDS-sivu vs. alkuperäinen Sivu

SDS-sivu ja alkuperäissivu ovat kahta tyyppiä polyakryyliamidigeelielektroforeesitekniikoita, joita käytetään proteiinien erottamiseen. SDS-sivu käsitellään pesuaineella, jota kutsutaan SDS. SDS antaa kokonaisnegatiivisen varauksen proteiinille, mikä johtaa proteiinin denaturoitumiseen. Siksi proteiinit erotetaan niiden molekyylipainon perusteella. Native Page -tekniikka ei sitä vastoin käytä mitään denaturoivia aineita. Siten proteiinit joko erotetaan niiden koon tai muodon perusteella. Tämä on ero SDS-sivun ja alkuperäisen sivun välillä.

Viite:

1. "Polyakryyliamidigeelielektroforeesin periaate ja menetelmä (SDS-PAGE)." Polyakryyliamidigeelielektroforeesin periaate ja menetelmä (SDS-PAGE) | MBL Life Sience -ASIA-. Saatavilla täältä
2. ”Alkuperäiset geelit.” Alliance Protein Laboratories | Biofysikaaliset karakterisointipalvelut. Saatavilla täältä  

Kuvan kohteliaisuus:

1.'SDS-PAGE Electrophoresis'By Bensaccount englanninkielisessä Wikipediassa, (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta  
2.'Lähetä näyte polyakryyliamidigeelielektroforeesikuoppaan 'Blaz Nemec Ljubljanasta, Slovenia (CC BY-SA 2.0) Commons Wikimedia -sovelluksen kautta