Ero AFLP n ja RFLP n välillä

Avainero - AFLP vs. RFLP

DNA-tutkimuksilla on valtava merkitys fylogeneettisten suhteiden ymmärtämisessä ja määrittämisessä, geneettisten sairauksien diagnosoinnissa ja organismin genomien kartoittamisessa. Useita DNA-analyysiin liittyviä tekniikoita käytetään myös tietyn geenin tai DNA-sekvenssin tunnistamiseen tuntemattoman DNA: n poolista. Ne tunnetaan molekyylimarkkereina. Monistettu fragmentin pituuden polymorfismi (AFLP) ja Rajoitusfragmentin pituuden polymorfismi (RFLP) ovat kaksi sellaista molekyylimarkkeria (menetelmää), joka on kehitetty molekyylibiologiassa geneettisten variaatioiden havaitsemiseksi organismien välillä. Molemmat menetelmät ovat yhtä tärkeitä ja niillä on etuja ja haittoja. Keskeinen ero AFLP: n ja RFLP: n välillä on se AFLP sisältää pilkotun DNA: n selektiivisen PCR-monistuksen, kun taas RFLP ei sisällä DNA-fragmenttien selektiivistä PCR-monistusta.

SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on AFLP
3. Mikä on RFLP
4. Vertailu rinnakkain - AFLP vs. RFLP
5. Yhteenveto

Mikä on AFLP?

AFLP (monistetun fragmentin pituuden polymorfismi) on tärkeä työkalu molekyylibiologiassa, ja sitä käytetään laajasti geneettisen variaation analyysissä. AFLP perustuu fragmentoidun genomisen DNA: n spesifiseen PCR-monistukseen ja polymorfismin havaitsemiseen autoradiografeilla geelielektroforeesin avulla. AFLP auttaa laajasti tunnistamaan eri valtakuntien kantojen tai läheisesti sukulaisten lajien, mukaan lukien kasvit, eläimet, bakteerit ja sienet, geneettiset erot. AFLP voidaan suorittaa pienillä määrillä tuntemattomia DNA-näytteitä. Se ei vaadi aikaisempaa sekvenssitietoa ja koettimien suunnittelua.

AFLP: n vaiheet

DNA: n eristäminen
DNA: n pilkkominen restriktioendonukleaaseilla
Rajoitettujen DNA-fragmenttien ligointi adapterilla
Fragmenttien selektiivinen monistaminen spesifisillä restriktiokohdilla
PCR-tuotteiden erottaminen geelielektroforeesilla
Geelimatriisin visualisointi autoradiografilla

AFLP on herkempi ja toistettavissa oleva menetelmä, jota voidaan käyttää useiden taksonien, mukaan lukien sienet, bakteerit, kasvit ja eläimet, DNA-profilointiin ilman ennakkotietoa DNA-sekvensseistä. Se auttaa tunnistamaan pienet erot populaatioiden yksilöiden välillä sen herkkyyden vuoksi. AFLP on myös tärkeä genomikartoituksessa, rikosteknisissä tutkimuksissa, vanhempien testauksessa, genotyypityksessä jne.

Kuva 01: AFLP

Mikä on RFLP?

Restriktiofragmenttien pituuden polymorfismit (RFLP) on tekniikka, jota käytetään havaitsemaan geneettiset variaatiot homologisissa DNA-sekvensseissä. Se on ensimmäinen DNA-profilointiin kehitetty menetelmä. Organismeilla on ainutlaatuiset DNA-sormenjäljet tai DNA-profiilit. RFLP toimii tärkeänä työkaluna analysoimaan variaatiota intraspesifisten tai läheisesti sukulaisten organismien DNA-profiilien välillä, koska homologisilla sekvensseillä on erilaisia restriktiokohtia (paikkoja), jotka ovat ainutlaatuisia tietylle organismille. Kun homologinen DNA pilkotaan spesifisillä restriktioendonukleaaseilla, se johtaa erilaisiin DNA-profiileihin, jotka ovat ainutlaatuisia jokaiselle yksilölle. Siksi tämän menetelmän päätavoite on geenimuunnelman havaitseminen organismien kesken rajoittamalla homologista DNA: ta spesifisillä restriktioentsyymeillä ja fragmentin pituuden polymorfismin analysointi geelielektroforeesin ja blottauksen avulla. Blottauskuviot ovat ainutlaatuisia jokaiselle organismille ja ne kuvaavat tiettyjä genotyyppejä.

RFLP: n vaiheet

Riittävän määrän DNA: n eristäminen näytteistä
DNA-näytteiden fragmentointi spesifisillä restriktioendonukleaaseilla lyhyeen sekvenssiin
Saatujen fragmenttien erottaminen eripituisilla agaroosigeelielektroforeesilla.
Geeliprofiilin siirtäminen membraaniin Southern-blottauksella
Kalvon hybridisaatio leimattujen koettimien kanssa ja fragmenttien pituuden polymorfismin analyysi kussakin profiilissa

RFLP on erittäin tärkeä tekniikka taudin perinnöllisyyden havaitsemiseksi ja tautien esiintymisriskin löytämiseksi perheenjäsenten keskuudessa. RFLP: tä käytetään myös usein genomikartoituksessa, rikollisten tunnistamiseen rikosteknisissä tutkimuksissa, isyystesteissä jne. RFLP: llä on myös useita rajoituksia. RFLP vaatii aikaisempaa tietoa sekvenssitiedoista koettimien suunnittelua varten hybridisaatiota varten. Se vaatii myös riittävän määrän DNA: n eristämistä näytteestä analysoimiseksi, mikä on vaikeaa rikosteknisissä tutkimuksissa.

Kuva 01: RRFLP-kartoitus

Mitä eroa on AFLP: n ja RFLP: n välillä??

ALFP vs. RFLP
AFLP sisältää pilkotun DNA: n selektiivisen PCR-monistuksen.	RFLP ei sisällä PCR: ää, ellei se ole PCR-RFLP.
Sekvenssitiedot
Ennen sekvenssitietoa ei vaadita.	Suunniteltuihin RFLP-koettimiin vaaditaan aikaisempi sekvenssitieto.
Luotettavuus
Tämä on luotettavampi.	Tämä on vähemmän luotettavaa kuin AFLP.
Tehokkuus polymorfismin havaitsemisessa
Tällä on suurempi hyötysuhde polymorfismin havaitsemisessa kuin RFLP: llä.	Tämä on vähemmän tehokasta kuin AFLP.
Kustannus
Tämä on vähän kallis verrattuna RFLP: hen.	Tämä on halvempaa kuin AFLP.
Sovellukset
AFLP: tä on käytetty genomikartoituksiin, DNA: n sormenjälkiin, geneettisen monimuotoisuuden tutkimuksiin, isyystesteihin ja oikeuslääketieteeseen	RFLP-analyysi on tärkeä työkalu genomikartoituksessa, geenien lokalisoinnissa geneettisiin häiriöihin, sairausriskin määrittämiseen ja isyystesteihin.

Yhteenveto - AFLP vs. RFLP

AFLP ja RFLP ovat kaksi tekniikkaa, joita käytetään geenimerkeinä monimuotoisuuden arvioimiseksi ja geneettisten suhteiden arvioimiseksi molekyylibiologiassa. AFLP on tehokas ja herkkä menetelmä geneettisen polymorfismin havaitsemiseksi organismien välillä kuin RFLP. Vaikka molemmilla näillä menetelmillä on erilainen tehokkuus geneettisten variaatioiden havaitsemisessa, niitä kuitenkin käytetään DNA: n sormenjälkiin ja taudin diagnosointiin.

Viite:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. ja Anete P. De Souza. "RAPD-, RFLP-, AFLP- ja SSR-merkkien vertailu trooppisen maissin sisäsiitoslinjojen monimuotoisuustutkimuksissa." Genetiikka ja molekyylibiologia. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Verkko. 19. maaliskuuta 2017
2. ”Rajoitetun fragmentin pituuden polymorfismi (RFLP).” Kansallinen bioteknologiatietokeskus. Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, n.d. Web. 19. maaliskuuta 2017
3. Masiga D. K. ja Turner C. M. (2004). ”Monistettu (restriktio) fragmenttipituuden polymorfismi (AFLP) analyysi”. Menetelmät Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19. maaliskuuta 2017

Kuvan kohteliaisuus:
1. “ALFP” kirjoittanut Barbarossa hollannin Wikipediassa - siirretty nl.wikipediasta Commonsiin. (Public Domain) Commons-Wikimedian kautta
2. ”RFLP-kartoitus” Retamalla - Oma työ (GFDL) Commons Wikimedian kautta

Tiede ja luonto