Ero SYBR Greenin ja Taqmanin välillä

Avainero - SYBR Vihreä vs. Taqman
 

SYBR Green ja Taqman ovat kaksi menetelmää, joita käytetään reaaliaikaisen PCR: n monistusprosessin havaitsemiseen tai seuraamiseen. SYBR Green on menetelmä, joka perustuu nukleiinihappojen värjäysvärien interkalaatioon, kun taas Taqman on menetelmä, joka perustuu hydrolyysikoettimeen. Molemmat tekniikat on suunniteltu tuottamaan fluoresenssia PCR: n aikana, minkä avulla reaaliaikainen PCR-kone voi seurata reaktiota "reaaliajassa". SYBR Green -menetelmä suoritetaan käyttämällä fluoresoivaa väriainetta, jota kutsutaan SYBR greeniksi, ja havaitaan monistus sitoutumalla väriaine tuotettuun kaksijuosteiseen DNA: han. Taqman suoritetaan käyttämällä kaksileimattuja koettimia ja havaitsee amplifikaation hajottamalla koetin Taq-polymeraasilla ja vapauttamalla fluoroforin. Tämä on keskeinen ero SYBR Greenin ja Taqmanin välillä.

SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on SYBR Green
3. Mikä on Taqman
4. Vertailu rinnakkain - SYBR Green vs. Taqman
5. Yhteenveto

Mikä on SYBR Green?

SYBR Green on fluoresoiva väriaine, jota käytetään nukleiinihappojen, erityisesti kaksijuosteisen DNA: n värjäämiseen molekyylibiologiassa. SYBR Green -menetelmää käytetään PCR-tuotteiden kvantitointiin reaaliaikaisen PCR: n aikana. Kun se sitoutuu DNA: han, tuloksena oleva DNA-värikompleksi absorboi sinistä valoa ja säteilee voimakasta vihreää valoa. Se tapahtuu rakennemuutoksen takia, joka tapahtuu väriainemolekyylissä sitoutuessaan kaksijuosteiseen DNA: han. Kun PCR luo enemmän ja enemmän DNA: ta, enemmän värimolekyylejä sitoutuu DNA: han, tuottaen enemmän fluoresenssia. Siksi fluoresenssi kasvaa PCR-tuotteen kertyessä. Siksi PCR-tuotteen määrä voidaan mitata kvantitatiivisesti SYBR Green -fluoresenssitunnistuksella.

SYBR-vihreää väriainetta voidaan käyttää myös DNA: n leimaamiseen sytometrialla ja fluoresoivalla mikroskopialla. Etidiumbromidi on korvattu menestyksekkäästi SYBR Green -tuotteella, koska etiidiumbromidi on syöpää aiheuttava väriaine, jolla on hävitysongelmia geelielektroforeesissa tapahtuvan DNA-visualisoinnin aikana.

SYBR green -menetelmällä on etuja ja haittoja. Tämä menetelmä on erittäin herkkä, edullinen ja helppo käyttää. Koska kyky sitoa mitä tahansa kaksijuosteista DNA: ta, epäspesifinen sitoutuminen voi johtaa PCR-tuotteen ylimääräiseen kvantitointiin.

Kuva 01: SYBR vihreä tekniikka

Mikä on Taqman?

Taqman on vaihtoehtoinen menetelmä SYBR Green -sovellukselle reaaliaikaisen PCR-prosessin seuraamiseksi. Tämä menetelmä riippuu Taq-polymeraasientsyymin 5 '- 3' eksonukleaasiaktiivisuudesta koettimien hajottamiseksi uuden juosteen jatkamisen ja fluoroforin vapautumisen aikana. Tässä menetelmässä käytetään kaksileimattuja koettimia, ja se perustuu koettimien hydrolyysiin. Koettimet ovat fluoresoivasti leimattuja DNA-oligonukleotideja, joissa on fluoresoiva reportterimolekyyli (fluorofori) 5'-päässä ja sammuttajamolekyyli 3'-päässä. Ne on suunniteltu sitoutumaan yksijuosteiseen templaattiin alukkeen hehkutusten vastakkaisella puolella. Taq-polymeraasi lisää nukleotidejä alukkeeseen ja laajentaa uutta nauhaa kohti kaksileimattuja koettimia. Kun Taq-polymeraasi kohtaa koettimen, Taq-polymeraasin eksonukleaasiaktivointi aktivoi ja hajottaa koettimen. Kun koetin on saatu päätökseen uuden juosteen synteesin, se hajoaa täydellisesti ja vapauttaa fluoroforin. Fluoroforin vapautuminen tuottaa fluoresenssia. Fluoresoiva Quencher-molekyyli sammuttaa tehokkaasti emittoidun valon ja luo tuloksen PCR-tuotteen kvantifioimiseksi. Fluoroforien vapautuminen ja PCR-tuotteiden määrä ovat suhteessa toisiinsa. Siksi kvantifiointi voidaan tehdä helposti Taqman-menetelmällä.

Kuva 02: Taqman-menetelmä

Taqman-menetelmää käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä, geeniekspression kvantitointiin, geneettisten polymorfismien havaitsemiseen, kromosomaalisen DNA: n deleetioiden kvantitointiin, bakteerien tunnistamiseen, mikromatriisianalyysin todentamiseen, SNP-genotyyppien määrittämiseen jne..

Mitä eroa SYBR vihreän ja Taqmanin välillä on??

SYBR Vihreä vs. Taqman
SYBR Green perustuu DNA: ta sitovaan väriaineeseen.	Taqman riippuu hybridisaatiokoettimista ja Taq-polymeraasin 5 '- 3' eksonukleaasiaktiivisuudesta.
Fluoresoivasti leimatut koettimet
Fluoresoivasti leimattuja koettimia ei tarvita.	Kaksoisleimatut koettimet vaaditaan.
Multipleksoitu geenianalyysi
Sitä ei voida käyttää multipleksoituihin geenikohteisiin.	Sitä voidaan käyttää multipleksoituihin geenikohteisiin.
Kustannus
Tämä on halvempaa.	Tämä on kalliimpaa.
spesifisyys
Tämä on vähemmän spesifinen ja sitoutuu mihin tahansa kaksijuosteiseen DNA: han	Nämä ovat erittäin spesifisiä, koska koettimet havaitsevat spesifiset monistustuotteet.
vaikuttavuus
Tämä on vähemmän tehokasta.	Tämä on erittäin tehokasta.
hakemus
Tätä käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä, agaroosigeelin visualisoinnissa, DNA-merkinnöissä jne.	Tätä käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä, geeniekspression kvantifioinnissa, geneettisen polymorfismin havaitsemisessa jne.

Yhteenveto - SYBR Green ja Taqman

Taqman ja SYBR green ovat kahta menetelmää, joita käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä (kvantitatiivinen PCR). Molemmat menetelmät mahdollistavat PCR-tuotteen kvantifioinnin tehokkaasti ja tukeutuvat fluoresenssin säteilyyn. Taqman-menetelmä käyttää kaksoisleimattuja koettimia kertyneen DNA: n havaitsemiseksi, kun taas SYBR Green -menetelmä käyttää fluoresoivaa väriainetta. Molemmilla näillä menetelmillä on myös erilaisia ​​sovelluksia molekyylibiologiassa.

Viite:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour ja Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "SYBR Green- ja TaqMan-menetelmien vertailu kvantitatiivisessa reaaliaikaisessa polymeraasiketjureaktioanalyysissä neljälle adenosiinireseptorialatyypille." Edistynyt biolääketieteellinen tutkimus. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Verkko. 13. maaliskuuta 2017.
2. ”Reaaliaikaisen PCR: n perusperiaatteet.” Reaaliaikainen PCR, kvantitatiivinen (qPCR), pohjamaalit ja Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13. maaliskuuta 2017.
3. “SYBR vihreä ja muut reaaliaikaiset PCR-väriaineet.” Biocompare. N. 5. huhtikuuta 2010. Web. 14. maaliskuuta 2017

Kuvan kohteliaisuus:
1. ”PCR SYBR vihreänä”. Kirjoittanut -Ygonaar 23:09, 7. maaliskuuta 2006 (UTC) - Se on Ygonaarin graafin luoma Powerpointin kanssa, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. Käyttäjän “Taqman”: Braindamaged - Oma työ (Public Domain) Commons Wikimedian kautta