Ero shRNA n ja siRNA n välillä

shRNA vs. siRNA

RNA-häiriöiden (RNAi) prosessin aikana kohdegeenin ekspressio lyödään suurella spesifisyydellä ja selektiivisyydellä. RNAi on luonnollinen prosessi, ja siihen liittyy pieni häiritsevä RNA (siRNA) ja lyhyt hiusneula RNA (shRNA) ja biofunktionaalinen shRNA. Tällä hetkellä RNAi: ta käytetään laajalti henkilökohtaisen syöpähoidon välineenä. RNAi-sovellukset tehdään pohjimmiltaan kemiallisesti syntetisoiduilla kaksisäikeisillä siRNA- ja vektoripohjaisilla shRNA-molekyyleillä. Vaikka näillä kahdella molekyylillä on samanlaiset toiminnalliset tulokset, niiden rakenne eroaa toisistaan; siten myös näiden kahden molekyylin molekyylin vaikutusmekanismit, RNA-reitit ja kohteen ulkopuoliset vaikutukset eroavat toisistaan.

shRNA

shRNA on pienen RNA-molekyylin sekvenssi, joka tekee tiukan hiusneula-käännöksen, jota voidaan käyttää hiljentämään kohdegeenin ilmentyminen RNAi: n aikana. ShRNA: n ekspressio saavutetaan vektorilla, joka voi olla joko virus tai bakteeri tai kuljettamalla plasmideja. Ne syntetisoidaan solujen ytimessä ja kuljetetaan sytoplasmaan lisäprosesseja varten. Näillä molekyyleillä on samanlaiset miRNA: n kypsymisreitit; siten miRNA: n synteesi on tarjonnut pohjan shRNA-synteesin ymmärtämiselle. Joko RNA-polymeraasi II tai III voi transkriboida shRNA: ta RNA-polymeraasi II: n tai III: n promoottorien kautta. ShRNA: ien käytön etuna on, että niiden hajoamisaste ja vaihtuvuus ovat suhteellisen alhaiset. Haittana on, että se tarvitsee ekspressiovektorin, mikä saattaa aiheuttaa turvallisuusongelmia.

siRNA

siRNA: t ovat kaksijuosteisia RNA-molekyylejä, jotka koostuvat 20-25 emäsparista. Näitä käytetään geenien tukahduttamiseen vaimentamalla mikä tahansa geeni komplementaarisella nukleotidisekvenssillä RNAi-reitillä. Geenin kaatuminen siRNA: n transfektiolla on usein epäonnistunut ohimenevän vaikutuksen takia; etenkin nopeasti jakautuvissa soluissa ja tukahduttaminen eivät kestä kauemmin. Tämän ongelman ratkaisemiseksi siRNA: ta modifioidaan ottamalla käyttöön lyhyt hiusneularakenne. Tämä modifioitu molekyyli tunnetaan sitten nimellä shRNA. shRNA: n tulisi muuntaa dicerin siRNA: ksi normaalin toiminnan jatkamiseksi.

Mikä on ero shRNA: n ja siRNA: n välillä??

• Toisin kuin siRNA, shRNA: lla on ylimääräinen hiusneularakenne. shRNA on siRNA: n muokattu versio.

• shRNA vaatii ekspressiovektorin, kun taas siRNA ei.

• shRNA: ta voidaan käyttää pitkäaikaiseen tappioon, kun taas siRNA: ta voidaan käyttää vain geenien lyhytaikaiseen tukahduttamiseen.

• Toisin kuin siRNA: n geenien tukahduttaminen, shRNA: n tukahduttaminen on pitkäkestoista, ja jos se insertoidaan sopivan virusvektorin kautta, se voi tuottaa pysyviä geenien vaimennusvaikutuksia.

• Dicer tarvitaan shRNA: n muuntamiseksi takaisin siRNA-molekyyliksi normaalien toimintojen suorittamiseksi.