Ero satunnaisten alukkeiden ja Oligo dT n välillä

avainero satunnaisten alukkeiden ja oligo dT: n välillä on se satunnainen aluke on sekoitus kaikista mahdollisista heksameerioligonukleotidisekvensseistä, kun taas oligo dT-aluke koostuu yksisäikeisestä 12-18 deoksitymidiinijohdosta.

Käänteiskopiointi on mekanismi, jossa cDNA voidaan syntetisoida käyttämällä mRNA: ta tai mitä tahansa RNA-lajia. CDNA: n tuottamiseksi tulisi tarjota käänteistranskriptaasientsyymi ja muut tarvittavat komponentit, erityisesti templaatti ja alukkeet. Alukkeet ovat lyhyitä DNA-sekvenssejä, jotka on erityisesti suunniteltu kohdesekvenssien monistamiseen. Satunnaiset alukkeet ja oligo dT-alukkeet ovat kahta yleistä aluetyyppiä, joita käytetään käänteiskopioinnissa. Siksi satunnainen aluke tai oligo dT-aluke ovat lyhyitä DNA-oligonukleotidisekvenssejä, joita tarvitaan käänteistranskriptaasiin käänteiskopioinnin aloittamiseksi. RNA-templaatista riippuen sopiva aluke voidaan valita näistä kahdesta aluketyypistä.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mitä ovat satunnaiset alukkeet 
3. Mikä on Oligo dT
4. Satunnaisten alukkeiden ja Oligo dT: n samankaltaisuudet
5. Vertailu rinnakkain - Random Primers vs Oligo dT taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mitä ovat satunnaiset alukkeet?

Satunnainen aluke on oligonukleotidien seos, joka edustaa kaikkia mahdollisia heksameerisekvenssejä. Satunnaisen alukkeen alukesekvenssi on 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T tai C. Siksi satunnaisia ​​alukkeita voidaan käyttää yksijuosteisen DNA: n tai RNA: n monistamiseen DNA-polymeraasin tai käänteistranskriptaasin avulla, vastaavasti. Lisäksi satunnainen alukeseos kykenee monistamaan kaikki RNA: n alueet cDNA: n tuottamiseksi. Siten se tuottaa eri pituuksia cDNA: ta.

Kuva 01: Satunnaiset alukkeet

Tärkeintä on, että satunnainen alukeseos ei osoita mallin spesifisyyttä. Se ei kykene erottamaan mRNA: ta ja muita RNA-lajeja. Ja se hemmottelee kaikkia näytteessä olevia RNA-lajeja. Satunnainen alukeseos soveltuu kuitenkin RNA: ien käänteiskopiointiin ilman poly (A) -jäännöksiä, kuten rRNA, tRNA, koodaamaton RNA, pienet RNA: t, prokaryoottinen mRNA jne., Hajotettu RNA ja RNA, jolla on tunnetut sekundaariset rakenteet.

Mikä on Oligo dT?

Oligo dT-aluke on 12 - 18 deoksietyymiinin (dT) venymä. Alukesekvenssi voidaan esittää muodossa 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Sitä käytetään cDNA: n tuotantoon mRNA: sta, joka sisältää poly (A) -häntää. Pohjimmiltaan se toimii alustana reaktiolle, jota katalysoi käänteistranskriptaasi. Käänteisen transkription aikana oligo dT-aluke liukenee poly-adenyloidun hännän kanssa, joka löytyy useimpien eukaryoottisten mRNA: ien 3'-päässä ja aloittaa prosessin.

Kuva 02: Käänteinen transkriptio Oligo dT Primerillä

Toisin kuin satunnainen aluke, oligo dT-aluke ei sovellu hajoavalle RNA: lle tai RNA: lle, josta puuttuu poly (A) -jäännöksiä, mukaan lukien prokaryoottinen RNA ja mikroRNA.

Mitkä ovat satunnaisten alukkeiden ja Oligo dT: n väliset yhtäläisyydet??

• Satunnainen aluke ja oligo dT-aluke ovat kahta tyyppiä alukkeita, joita käytetään käänteiskopioinnissa ja cDNA: n valmistamiseksi.
• Satunnaisen alukkeen ja oligo dT-alukkeen käyttö lisää yhdessä cDNA-synteesin herkkyyttä.
• Ne ovat yksijuosteisia lyhyitä nukleotidisekvenssejä.

Mikä on ero satunnaisten alukkeiden ja Oligo dT: n välillä?

Satunnainen aluke on lyhyt oligonukleotidisekvenssi, joka koostuu satunnaisesta sekvenssistä. Samaan aikaan oligo dT-aluke on lyhyt juoste, joka koostuu 12 - 18 deoksitymidiinistä. Joten, tämä on avainero satunnaisten alukkeiden ja oligo dT: n välillä. Satunnaisen alukkeen sekvenssi on 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T tai C. kun taas oligo dT-alukkeen sekvenssi on 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Siksi voimme pitää tätä toisena erona satunnaisten alukkeiden ja oligo dT: n välillä.

Lisäksi satunnaisilla alukkeilla ei ole templaattispesifisyyttä ja ne hemmottelevat mitään RNA-lajeja, kun taas oligo dT-alukkeet osoittavat spesifisyyttä eukaryoottisen mRNA: n poly (A) -jäännöille.

Alla oleva infografia esittää yhteenvedon satunnaisalukkeiden ja oligo dT: n välillä.

Yhteenveto - Satunnaiset alukkeet vs Oligo dT

Satunnainen aluke ja oligo dT-aluke ovat kahta tyyppiä alukkeita, joita käytetään cDNA-synteesissä. Satunnainen aluke koostuu oligonukleotidien seoksesta, joka edustaa kaikkia mahdollisia heksameerisekvenssejä, kun taas oligo dT-aluke on yksijuosteinen sekvenssi, jossa on 12-18 deoksitymidiiniä. Joten, tämä on avainero satunnaisten alukkeiden ja oligo dT: n välillä. Lisäksi oligo dT-alukkeet ovat käyttökelpoisia RNA: n täyspitkään käänteiskopiointiin poly (A) -häntällä, kun taas satunnaiset alukkeet ovat käyttökelpoisia useimpien RNA-lajien käänteiskopiointiin, mukaan lukien hajotettu RNA, RNA, josta puuttuvat poly (A) -jäänteet ja RNA, joka sisältää toissijaiset rakenteet. Siksi satunnainen aluke ei osoita templaattispesifisyyttä, kun taas oligo dT-aluke osoittaa spesifisyyttä eukaryoottiseen mRNA: han, joka sisältää poly (A) -häntä.

Viite:

1. ”Käänteisen transkription asetus: Thermo Fisher Scientific - Yhdysvallat.” Käänteisen transkription asetus | Thermo Fisher Scientific - Yhdysvallat, saatavana täältä.

Kuvan kohteliaisuus:

1. Zephyris ”Primers RevComp” - Oma työ (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta
2. Lokeshthimmana ”RT PCR -malli” - Oma työ (CC BY-SA 4.0) Commons Wikimedian kautta