Ero QTL n ja GWAS n välillä

avainero QTL: n ja GWAS: n välillä riippuu analyysissä käytetyistä sekvensseistä. QTL käyttää kytkentägeenigeekuksia analysoimaan polygeeniseen perintöön liittyviä fenotyyppisiä piirteitä, kun taas GWAS käyttää kokonaisia ​​genomisekvenssejä tietyn tilan yksittäisten nukleotidien polymorfismien analysointiin.

QTL-karttoilla ja GWAS: lla on tärkeä merkitys eri ominaisuuksien geenianalyyseissä. Lisäksi ne ovat tärkeitä analysoitaessa erilaisia ​​sairaustiloja, joiden etiologiaa ei tunneta. Lisäksi sekvensoinnilla on avainrooli molemmissa tekniikoissa. Nämä tekniikat voidaan edelleen kytkeä muihin suuren suorituskyvyn tekniikoihin tarkkuuden ja tarkkuuden lisäämiseksi.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on QTL 
3. Mikä on GWAS
4. QTL: n ja GWAS: n väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - QTL vs. GWAS taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on QTL?

QTL tarkoittaa Määrällinen ominaisuus Locus. Se on DNA: n alue, joka liittyy fenotyyppiseen ominaisuuteen. Yleensä QTL aiheuttaa polygeenisiä vaikutuksia. QTL: ien jakauma vaihtelee, ja QTL: ien lukumäärä viittaa tietyn fenotyyppisen ominaisuuden variaatioasteeseen. Lisäksi ne tyypillisesti koodittavat jatkuvien piirteiden perustan eivätkä erillisiä piirteitä.

QTL-alueiden tunnistamisen yhteydessä on tärkeätä järjestää tietty QTL-alue. Lisäksi tutkimusten ja tutkimuksen helpottamiseksi sekvensointi ja yhteisten QTL-alueiden sekvenssitietojen tallentaminen tapahtuu bioinformatiikan avulla. Kutsumme tätä tekniikkaa QTL-kartoitukseksi. Myöhemmin muodostuu tietokanta QTL-alueen sekvenssien kanssa.

Kuva 01: QTL-skannaus

Lisäksi QTL-sekvenssien sovellukset luottavat pääasiassa BLAST-työkaluun, jossa sekvenssien samankaltaisuus voidaan määrittää. Se on tärkeä organismien välisten suhteiden vähentämisessä. Lisäksi se on tärkeä määritettäessä tietyn polygeenisen fenotyypin monimutkaisuus. Se määrittelee myös tietyn ominaisuuden kehittymisen.

Tällä hetkellä QTL-analyysi yhdistetään muihin korkean suorituskyvyn tekniikoihin, kuten DNA-mikromatriiseihin. Tämä on tärkeää fenotyypin ekspressioanalyysissä. Tällä hetkellä tutkijat ovat erittäin kiinnostuneita QTL-tietokannan kehittämisestä, koska QTL-alueet ovat vastuussa monista tärkeistä piirteistä eri lajeille.

Mikä on GWAS?

GWAS tarkoittaa Genomin laajan yhdistyksen tutkimus. Se viittaa myös kokonaisiin genomiyhdistystutkimuksiin. Nämä tutkimukset keskittyvät pääasiassa havainnollisiin tutkimuksiin. Se analysoi eri yksilöiden geneettiset variantit, jotka yleensä liittyvät tiettyyn ominaisuuteen. Lisäksi koko genomi on tärkeä GWAS-analyysille.

Kuva 02: GWAS

GWAS on tärkeä työkalu erilaisten sairaustiloihin liittyvien yksittäisten nukleotidien polymorfismien analysoinnissa. Tämä on myös vertailututkimus erilaisista yksittäisten nukleotidien polymorfismeista laajassa populaatiossa. Lisäksi GWAS: n tutkimusnäyte on erittäin korkea; Siksi se on myös poikkileikkauskohorttitutkimuksen muoto.

Lisäksi ensimmäinen GWAS-tutkimus suoritettiin sydäninfarktin suhteen ja analysoitiin sydäninfarktiin liittyviä geenejä. Tällä hetkellä GWAS: lla on tärkeä rooli määritellessään sellaisten monimutkaisten sairauksien geneettistä taustaa, joiden etiologiaa ei tunneta.

Mitkä ovat QTL: n ja GWAS: n väliset yhtäläisyydet??

• He luottavat analysointiin DNA-sekvenssitietoihin.
• Molemmat liittyvät eri hahmojen geneettisiin taustaihin.
• Lisäksi he vaativat bioinformatiikan työkaluja tulosten johtamiseen ja tulkintaan.
• Ne tehdään suurille väestöryhmille.

Mikä ero on QTL: n ja GWAS: n välillä??

QTL analysoi polygeeniseen perintöön liittyviä fenotyyppisiä piirteitä kytkettyjen geenilokkien avulla, kun taas GWAS analysoi tietyn tilan yksittäisten nukleotidien polymorfismeja käyttämällä kokonaisia ​​genomisekvenssejä. Siksi tämä on avainero QTL: n ja GWAS: n välillä. QTL-kartoitus on verrattain vähemmän monimutkainen tekniikka kuin GWAS, koska se vaatii koko genomin sekvensoinnin.

Alla oleva infografia on yhteenveto QTL: n ja GWAS: n välisestä erotustaulusta.

Yhteenveto - QTL vs. GWAS

QTL-kartoituksella ja GWAS: lla on suuri merkitys eri fenotyyppisten piirteiden geneettisen taustan määrittämisessä. Ne auttavat myös eri sairauksien geneettisen taustan analysoinnissa. QTL-kartoitus kuvaa jatkuvista piirteistä vastuussa olevia kytkentägeenejä ja sisältää myös polygeenisten perinnegeenien kartoituksen. GWAS puolestaan ​​tapahtuu koko genomilla analysoimalla yksittäisten nukleotidien polymorfismeja. Lisäksi tämä tapahtuu suuremmalla väestöllä. Siksi tämä on yhteenveto QTL: n ja GWAS: n välisestä erotuksesta.

Viite:

1. Liu, Ruixian, et ai. "GWAS-analyysi ja kuitulaadun ominaisuuksien ja satokomponenttien tunnistaminen mäntypuuvillassa QTL-ominaisuuksien avulla rikastettujen korkean tiheyden SNP-merkkien avulla." Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13. syyskuuta 2018, saatavana täältä.
2. ”GWAS Vs. Qtl-kartoitus? ” Uusimmat viestit, saatavana täältä.

Kuvan kohteliaisuus:

1. "Esimerkki genomin laajuisesta QTL-skannauksesta PLoS-biologiasta" - kirjoittanut - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et ai. (2003) Osteoporoosin kytkentä kromosomiin 20p12 ja assosiaatio BMP2: een. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) Commons Wikimedian kautta
2. Bush WS: n ja Moore JH: n ”GWAS-taudin alleeliefektit” - Bush WS, Moore JH (2012), luku 11: Geeni-laaja-alaiset assosiaatiotutkimukset. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) Commons-Wikimedian kautta