Ero koettimen ja alukkeen välillä

Avainero - Koetin vs. Pohjustus
 

Molekyylikoetin on pieni DNA- tai RNA-fragmentti, joka tunnistaa komplementaariset sekvenssit DNA: ssa tai RNA: ssa ja mahdollistaa kohdesekvenssin tunnistamisen. Aluke on pieni DNA- tai RNA-ryhmä, joka toimii lähtökohtana DNA-synteesille. Alukkeet ja koettimet hybridisoituvat templaatti-DNA: n tai kohde-DNA: n komplementaaristen nukleotidien kanssa. Avainero koettimen ja alukkeen välillä on kuitenkin se alukkeet ovat välttämättömiä DNA: n replikaatiolle, kun taas koettimet ovat tarpeen spesifisten sekvenssien havaitsemiseksi näytteen DNA: ssa.

SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on koetin
3. Mikä on pohjamaali
4. Vertailu rinnakkain - Koetin vs. Pohjustus
5. Yhteenveto

Mikä on koetin?

Koetin on pieni fragmentti DNA: ta tai RNA: ta, jota käytetään kohde-DNA: n tai RNA: n havaitsemiseksi näytteessä molekyylihybridisaation avulla. Ne tunnetaan myös nimellä molekyylimarkkerit. Koettimen pituus voi vaihdella (100 - 1 000 emästä), ja koetinukleotidit ovat komplementaarisia kohdesekvenssin osalle. Havaitsemisen helpottamiseksi koettimet on merkitty radioaktiivisilla isotoopeilla tai fluoresoivilla väriaineilla tai vasta-aineilla. Koettimet sitoutuvat kohdesekvenssin komplementaarisilla emäksillä ja paljastavat kohde-DNA: n tai RNA: n läsnäolon näytteessä. Koettimien merkitsemiseen on olemassa kaksi päämenetelmää: loppu merkinnät ja lempikäännös. Koettimet luokitellaan erityyppisiin tyyppeihin mukaan lukien DNA-koettimet, RNA-koettimet, cDNa-koettimet ja synteettiset oligonukleotidikoettimet, ja ne valmistetaan käyttämällä erilaisia ​​tekniikoita.

Koettimet ovat tärkeitä työkaluja monilla mikrobien ja molekyylien alueilla, kuten virologia, oikeuslääketieteen patologia, isyystestaus, DNA-sormenjäljet, geneettisten sairauksien havaitseminen, RFLP, molekyylisytogenetiikka, in situ hybridisaatio jne.

Kuvio 01: Fluoresenssileimattu koetin, jota käytetään FISH: ssa patogeenin havaitsemiseksi

Mikä on pohjamaali?

Aluke on lyhyt DNA- tai RNA-fragmentti, joka toimii DNA-synteesin initiaattorina. DNA-polymeraasientsyymi lisää nukleotidejä alukesekvenssin 3'OH-ryhmään ja syntetisoi uuden juosteen, joka on komplementaarinen templaatti-DNA: lle. Alukkeet ovat hyvin lyhyitä fragmentteja, joiden pituus on 18 - 20 nukleotidia. Ne syntetisoidaan kemiallisesti laboratoriossa in vitro DNA-monistus (PCR). Alukkeilla voi olla mikä tahansa nukleotidisekvenssi, koska käyttäjä on ne suunnitellut. Ne syntetisoidaan vastaamaan templaatti-DNA: n komplementaarisia emäksiä. Siksi siinä voi olla mikä tahansa nukleotidisekvenssi. Alukkeet ovat erittäin tärkeitä DNA-replikaatiolle, koska DNA-polymeraasi ei pysty syntetisoimaan uutta DNA: ta ilman ennalta olemassa olevaa DNA-palaa. Suunniteltaessa alukkeita PCR: lle on otettava huomioon seuraavat seikat:

• Alukkeiden tulisi sisältää komplementaarisia nukleotidejä monistuvan haluavan DNA: n viereiseen päähän.
• Alukkeiden sulamislämpötilan tulisi olla 55 - 65 ° C ⁰C
• G- ja C-pitoisuuksien tulisi olla välillä 50 - 60%.

Kahta aluketta käytetään PCR: ssä eteen- ja taaksepäin näytteen DNA: n molempien juosteiden replikoimiseksi. Alukkeita käytetään yleisesti suorittamaan PCR- ja DNA-sekvensointi.

Kuvio 02: Alukkeen hehkuminen PCR: ssä

Mikä ero on koettimen ja Primerin välillä??

Koetin vs. Pohjustus
Koetin on pieni DNA / RNA-fragmentti, jota käytetään kohdesekvenssin läsnäolon havaitsemiseksi näytteessä molekyylisellä hybridisaatiolla.	Aluke on pieni DNA- tai RNA-ryhmä, joka toimii lähtökohtana DNA: n replikaatiolle.
Toimia
Tämä havaitsee spesifisen sekvenssin läsnäolon DNA- tai RNA-näytteessä.	Tämä toimii lähtökohtana DNA-synteesille.
Pituus
Pituus voi olla välillä 100 - 1000 emästä	Pituus on yleensä noin 18 - 20 emästä
Sitoutuminen täydentävällä sekvenssillä
Koetin hybridisoituu kohdesekvenssin komplementaaristen emästen kanssa	Aluke hehkutetaan DNA-juosteiden komplementaarisilla emäksillä.
Pakkausmerkinnät
Koettimet on merkitty tunnistuksen helpottamiseksi	Alukkeita ei yleensä merkitä
Käyttö PCR: ssä
Koettimia ei käytetä PCR: ssä	Alukkeita käytetään PCR: ssä

Yhteenveto - Anturi vs.

Koetin on pieni fragmentti DNA- tai RNA-sekvenssistä, joka voidaan hybridisoida komplementaaristen nukleotidien kanssa kohdesekvenssin havaitsemiseksi näytteessä. Koettimet leimataan radioaktiivisesti, immunologisesti tai fluoresoivasti kohdesekvenssin läsnäolon näkemiseksi. Aluke on hyvin pieni DNA- tai RNA-fragmentti, joka toimii lähtökohtana in vitro DNA-monistus. DNA-polymeraasi tunnistaa 3'-OH-ryhmän alukkeen ja aloittaa uuden juosteen rakentamisen, komplementaarisena templaatille. Koettimet ja alukkeet toimivat samalla tavalla hybridisoitumalla komplementaaristen nukleotidien kanssa. Siten avainero koettimen ja alukkeen välillä on niiden ensisijainen tehtävä.

Viite:
1. ”Pohjustus (molekyylibiologia).” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 2. helmikuuta 2017. Verkko. 1. maaliskuuta 2017.
2. ”Hybridisaatiokoetin.” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 30. joulukuuta 2016. Web. 1. maaliskuuta 2017
3. ”Pohjustus (molekyylibiologia).” Pohjustus (molekyylibiologia) - ScienceDirect Aiheet. N.p., n.d. Web. 1. maaliskuuta 2017

Kuvan kohteliaisuus:
1. Peptips Togopicin kalat bakteereiden patogeenien tunnistamiseksi. Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia -sivuston kautta
2. “Primers RevComp Melted2” kirjoittanut Richard Wheeler (Zephyris) - Oma työ (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta