Ero PCR-alukkeiden ja sekvensoivien alukkeiden välillä

Avainero - PCR-alukkeet vs. Jaksotus alukkeita
 

Viimeaikaisen kehityksen myötä molekyylibiologian alalla kehitettiin erilaisia ​​geenitekniikoita, jotka tekivät kohteen eri tapojen tutkimusprosessit helpoiksi ja tarkkoiksi. PCR ja muut sekvensointimenettelyt ovat kaksi tärkeää tällaista tekniikkaa. He käyttävät erilaisia ​​alakomponentteja. Alukkeita pidetään tärkeimpänä alakomponenttina, joka on yhteistä sekä PCR- että sekvensointitekniikoille. PCR-alukkeita käytetään tietyn DNA-sekvenssin monistamiseen, kun taas sekvensointialukkeita käytetään DNA-fragmentin sekvensoinnin yhteydessä tarkoituksena paljastaa sen nukleotidisekvenssin spesifinen järjestys. Tämä on avainero PCR-alukkeiden ja sekvensointialukkeiden välillä.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mitä ovat PCR-alukkeet
3. Mitä ovat sekvensoivat alukkeet
4. PCR-alukkeiden ja sekvensoivien alukkeiden väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - PCR-alukkeet vs. sekvensoivat alukkeet taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mitä ovat PCR-alukkeet?

Polymeraasiketjureaktio (PCR) on geneettinen tekniikka, jota käytetään molekyylibiologian alalla monistamaan yksi tai muutama kopio tietystä DNA-segmentistä ja saamaan miljoonia identtisiä kopioita. PCR-reaktiossa käytetään erilaisia ​​komponentteja, mukaan lukien alukkeet. Alukkeet ovat lyhyitä DNA-juosteita, joiden nukleotidipituus on 18-25, mikä tekee niistä yhteensopivia monistettavien DNA-fragmenttien aloitus- ja päätealueen kanssa. Alukkeet voivat olla eteenpäin suuntautuva ja peruutusalusta. Nämä alukkeet sitoutuvat DNA-fragmenttiin spesifisissä kohdissa, joissa se saa DNA-polymeraasin sitoutumaan spesifiseen alukkeeseen paikassa ja aloittamaan uuden DNA-juosteen synteesin.

Alukkeiden valinta on tärkeä osa PCR-prosessia. Pohjusteen pituuden valinta on tärkeää. Ihanteellinen pituus olisi 18-25 nukleotidia. Jos pituus on liian lyhyt tai liian pitkä, alukkeet eivät sitoutu DNA-sekvenssiin monistettavaksi tarkasti. Alukkeet, jotka ovat liian lyhyitä, johtavat epäspesifiseen alukkeen hehkumiseen DNA-sekvenssin eri paikoissa.

Kuva 01: PCR-alukkeet

Hyvän alukkeen guaniini- ja sytosiinipitoisuuden (GC) tulisi olla välillä 40-60. Alukkeen hehkutuslämpötila ja sulamislämpötila ovat tärkeitä tekijöitä PCR: n aikana. Sulamislämpötila tulisi laskea tarkasti, ja pohjamaalin hehkutuslämpötilan tulisi olla 5 ⁰C alempi kuin sulamislämpötila. Sulamislämpötilan tulisi olla 60 ° C ja 75 ° C. Liian korkea tai liian matala lämpötila johtaa vähemmän aktiiviseen DNA-polymeraasiaktiivisuuteen.

Mitä ovat sekvensoivat alukkeet?

Sekvensointialukkeita käytetään DNA-fragmentin sekvensoinnin yhteydessä tarkoituksena paljastaa sen spesifinen identiteetti. Hyvien sekvensointitulosten saamiseksi korkealaatuiset alukkeet ja mallit ovat tärkeitä. Siten, kun alukkeet valitaan, niiden tulisi olla ainutlaatuisia tietylle alueelle, jolla haluamme sekvensoida. Sen tulisi myös olla oikean suuntaisuuden kohdalla, jossa sekvenssit generoidaan yleensä alukkeiden 3 '- 5' päistä. Sarjasta ei tulisi puuttua toivottavaa itsehybridisaatiota, kuten hiusneulan silmukoiden muodostumista. Se ei saisi sisältää peräkkäistä muodostumista guaniiniemäksiä.

Alukkeen sulamislämpötilan (Tm) on oltava sopiva sekvensointiolosuhteisiin. Siksi sen tulisi olla välillä 52^OC ja 74^OC. Alukkeena käytettävien oligonukleotidien valmistus olisi puhdistettava sekvenssin halutun täysipitkän aikaansaamiseksi. Jos oligonukleotidit sisältävät epäpuhtauksia, alukesekvenssin signalointi asetetaan päällekkäin erilaisista alustuskohdista, ja se myös vähentää emässolujen lukumäärää.

Kuva 02: Sekvensoivat alukkeet

Oligonukleotidin alukkeen sulamislämpötila (Tm) määrittää, kuinka vahvat komplementaariset DNA-juosteet ovat hybridisoituneet toisiinsa. Tm: tä voidaan pitää termodynaamisena laskelmana, jossa se riippuu molemmista DNA-sekvensseistä ja useista olosuhteista, kuten suolakonsentraatio. Tm on tärkeä PCR: n aikana, jolloin varianttia, jota kutsutaan syklisekvensointiin, käytetään tuottamaan ryhmä dideoksinukleotidipäätteisiä fragmentteja. Tässä sekvensoitu aluke hehkutetaan aluksi vaihtoehtoisesti, sitten pidennetään ja viimeksi denaturoidaan monistamista varten. Siksi Tm-arvon tulisi olla välillä 52^OC ja 74^O C. Syntetisoituja oligonukleotideja voidaan saada DNA / RNA-synteesilaboratorioista valinnan mukaan. Pieni synteesimitta, jota käytetään DNA-sekvensointiin, on yleensä 50 nmol. Tärkeintä on myös sekvensointiin käytettävien alukkeiden puhdistaminen ilman epäpuhtauksia, jotka estävät laadun heikkenemisen.

Mitkä ovat yhtäläisyydet PCR-alukkeiden ja sekvensoivien alukkeiden välillä?

• Sekä PCR-alukkeet että sekvensoivat alukkeet ovat alukkeita, joita käytetään kohdennetun DNA-sekvenssin monistusprosessissa.
• Sekä PCR-alukkeet että sekvensoivat alukkeet koostuvat nukleotideistä.
• Sekä PCR-alukkeet että sekvensoivat alukkeet ovat lyhyitä oligomeerejä.

Mikä on ero PCR-alukkeiden ja sekvensoivien alukkeiden välillä?

PCR-alukkeet vs. sekvensoivat alukkeet
PCR-alukkeet ovat lyhyitä DNA-juosteita, joiden nukleotidisekvenssipituus on 18-25, mikä tekee niistä yhteensopivia monistettavien DNA-fragmenttien alku- ja päätealueen kanssa.	Sekvensointialukkeet ovat lyhyitä oligomeerejä, joita käytetään DNA-fragmentin sekvensointiin tarkoituksessa paljastaa sen spesifinen identiteetti.
Toimia
PCR-alukkeita käytetään tietyn DNA-sekvenssin monistamiseen.	Sekvensointialukkeita käytetään DNA-fragmentin sekvensoinnin yhteydessä tarkoituksena paljastaa sen spesifinen identiteetti.
Tarvitaan alukkeiden lukumäärä
Kaksi aluketta; yhtä eteenpäin suuntautuvaa aluketta ja yhtä käänteistä aluketta käytetään PCR-alukkeina.	Tarvitsetko vain yhden alukkeen sekvensoivana alukkeena.

Yhteenveto - PCR-alukkeet vs. Jaksotus alukkeita

Sekvensointialukkeita käytetään DNA-fragmentin sekvensoinnin yhteydessä tarkoituksena paljastaa sen spesifinen identiteetti. Yksi sekvensointialusta riittää prosessin suorittamiseen. Hyvien sekvensointitulosten saavuttamiseksi korkealaatuiset alukkeet ja mallit ovat tärkeitä. Siten, kun alukkeet valitaan, niiden tulisi olla ainutlaatuisia tietylle alueelle, jolla haluamme sekvensoida. PCR-alukkeet ovat lyhyitä DNA-juosteita, joiden nukleotidipituus on 18-25, joka on yhteensopiva monistettavien DNA-fragmenttien alkamis- ja päätealueen kanssa. PCR-alukkeet voivat olla eteenpäin suuntautuva ja lähtö käänteinen. Hyvän alukkeen guaniini- ja sytosiinipitoisuuden (GC) tulisi olla välillä 40-60. Alukkeen hehkutuslämpötila ja sulamislämpötila ovat tärkeitä näkökohtia PCR: n aikana. Tämä on ero PCR-alukkeiden ja sekvensointialukkeiden välillä.

Viite:

1. ”Polymeraasiketjureaktio (PCR).” Khan-akatemia. Saatavilla täältä
2. ”Sekvensoivat alukkeet ja pohjamaalien suunnittelu.” Sekvensoivat alukkeet ja pohjamaalien suunnittelu | Yliopiston ydin - DNA - palvelut | Calgaryn yliopisto. Saatavilla täältä    

Kuvan kohteliaisuus:

1.'Primers RevComp'By Zephyris - Oma työ, (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta 
2.'DNA Sequencin 3 -merkintämenetelmät'By Abizar (alkuperäinen lähettäjä) englanniksi Wikipediassa - siirtänyt Gustavocarra., (Public Domain) Commons Wikimediassa