Blottaus on tärkeä tekniikka DNA: n, RNA: n ja proteiinien spesifisten sekvenssien havaitsemiseksi niiden seoksista molekyylibiologiassa. Se tehdään käyttämällä blot-nimistä kalvoa. On olemassa erilaisia blottaustekniikoita, kuten pohjoinen, etelä ja länsi. Oikean kalvon valinta blottausprosessille olisi tehtävä huolellisesti, jotta estetään epäspesifinen sitoutuminen ja väärät havainnot. Nitroselluloosa, nylon ja PVDF ovat yleisesti käytettyjä kalvoja blottaustekniikoissa. Heillä on erilaisia ominaisuuksia. Tärkein ero nitroselluloosan ja nailonkalvon välillä on se nitroselluloosamembraaneilla on korkea proteiinien immobilisaatiopotentiaali taas nylonmembraaneilla on korkea nukleiinihappojen immobilisaatiopotentiaali. Kumpaakin tyyppisiä kalvoja käytetään kuitenkin usein blottaustekniikoissa.
SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on nitroselluloosakalvo
3. Mikä on nailonkalvo
4. Side by Side -vertailu - nitroselluloosa vs Nylon-kalvo
5. Yhteenveto
Nitroselluloosamembraani on yleisesti käytetty kalvosuodatin nukleiinihappo- ja proteiiniblototekniikoissa. Sillä on korkea proteiineihin sitoutumispotentiaali. Siksi nitroselluloosamembraaneja käytetään laajalti Western blot -tekniikassa. Nitroselluloosamembraanit ovat yhteensopivia kaikkien hybridisaatiotekniikoiden kanssa ja niillä on erinomaiset sitoutumiskapasiteetit ilman häiriöitä. Nitroselluloosamembraanit ovat luonteeltaan luonnollisesti hydrofiilisiä. Ne tekevät hydrofiilisen vuorovaikutuksen molekyylien kanssa ja immobilisoivat ne tehokkaasti kalvoon. Kaupallisia nitroselluloosamembraaneja on saatavana kahdessa huokoskoossa: 0,45 ja 0,2 um.
Kuvio 01: Western-blottauksessa käytetty nitroselluloosakalvo
Nailonkalvo on toinen tyyppi kaupallinen kalvo, jota käytetään blottaustekniikoissa. Sitä käytetään vaihtoehtoisesti nitroselluloosamembraanien kanssa eteläisen ja pohjoisen blottaukseen. Nailonikalvot ovat ihanteellisia eteläisen blottauksen tekemiseen kuin nitroselluloosa, koska niiden affiniteetti sitoutumiseen DNA: han on suuri. Koska nailonkalvojen useita ainutlaatuisia piirteitä on, tutkijat käyttävät yleisesti nailonkalvoja eteläiseen ja pohjoiseen blottaukseen nitroselluloosan kalvon sijaan. Nailonkalvoja suositellaan myös strippaukseen ja uusintaan, toisin kuin nitroselluloosa.
Kuvio 02: Etelä-blottaukseen käytetty nailonkalvo
Nitroselluloosa vs Nylon-kalvo | |
Nitroselluloosakalvot ovat hauraita. | Nailonikalvot ovat vähemmän hauraita. |
käsittely | |
Niitä on vaikea käsitellä. | Niitä on helppo käsitellä. |
koettamista | |
Tukemattomia nitroselluloosamembraaneja on vaikea muotoilla. | Uusinta on helppoa nailonkalvoilla. |
Yhteensopivuus erilaisten säilytysolosuhteiden kanssa | |
Nitroselluloosakalvoilla on vähemmän lujuutta kestää erilaisia säilytysolosuhteita. | Nailonikalvot reagoivat tehokkaammin erilaisiin varastointiolosuhteisiin. |
Käyttää | |
Esilämmitys vaaditaan. | Esilämmitystä ei tarvita nailonkalvoille. |
Hydrofiilinen luonto | |
Nitroselluloosamembraanit ovat luonteeltaan hydrofiilisiä, mutta ovat vähemmän hydrofiilisiä kuin nylonkalvot. | Ne ovat luonteeltaan erittäin hydrofiilisiä. |
Käynnistyspotentiaali | |
Nitroselluloosamembraaneilla on vähemmän affiniteettia nukleiinihapoihin. Mutta sillä on korkea affiniteetti proteiineihin. | Nailonmembraaneilla on suuri sitoutumiskyky nukleiinihappojen kanssa kuin nitroselluloosamembraaneilla. |
Nitroselluloosa- ja nylonkalvot ovat erityisiä arkkeja, joita käytetään blottaustekniikassa nauhankuvion tuottamiseksi geelissä. Ne mahdollistavat mahdollisuuden havaita spesifinen sekvenssi tai proteiini seoksista immobilisoimalla ne kalvolle. Kun molekyylit ovat immobilisoituneet membraanille, sitä voidaan käyttää substraattina hybridisaatioanalyysiin leimattujen koettimien kanssa. Nitroselluloosamembraania käytetään yleisesti proteiinien havaitsemiseen Western blot -tekniikassa, koska sillä on suuri sitoutumisaffiniteetti proteiineihin. Nailonkalvoja käytetään usein eteläisen ja pohjoisen blottaukseen. Tämä on ero nitroselluloosan ja nailonkalvon välillä.
Viitteet:
1. Hayes, P. C., C. R. Wolf ja J. D. Hayes. "Blottaustekniikat DNA: n, RNA: n ja proteiinien tutkimiseksi." BMJ: British Medical Journal. Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, 14. lokakuuta 1989. Web. 7. huhtikuuta 2017
2. Mahmood, Tahrin ja Ping-Chang Yang. “Western Blot: tekniikka, teoria ja vianmääritys.” Pohjois-Amerikan lääketieteellisten tieteiden lehti. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, syyskuu 2012. Verkko. 7. huhtikuuta 2017
Kuvan kohteliaisuus:
1. ”Western blot transfer” Bensaccountin englanninkielinen Wikipedia (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta