Ero genomisen DNA n ja plasmidi-DNA n eristämisen välillä

avainero genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristämisen välillä on, että genomisen DNA: n eristäminen kohdistuu genomisen DNA: n uuttamiseen, kun taas plasmidi-DNA: n eristäminen kohdistaa bakteerien plasmidi-DNA: n uuttamiseen.

DNA: n eristäminen on kemiallinen prosessi, jota käytetään DNA: n eristämiseen eri lajeista tai eri näytteistä. DNA: n eristäminen on tärkeää alavirran molekyylibiologiatekniikoissa, kuten geelielektroforeesi, polymeraasiketjureaktio ja DNA-sekvensointitekniikat. Siksi DNA: n eristäminen on välttämätön kemiallinen prosessi molekyylibiologisissa tutkimuksissa. Tutkimuksen tarkoituksen perusteella joskus on välttämätöntä eristää genomi-DNA. Lisäksi jotkut tutkimukset keskittyvät plasmidi-DNA: n eristämiseen bakteereista. Genomisen DNA: n eristäminen on prosessi, jolla eristetään genomi-DNA prokaryoottisesta tai eukaryoottisesta näytteestä. Eristysvaiheet eroavat sen solutyypin mukaan, jossa DNA eristyy. Plasmidi-DNA: n eristäminen on prosessi, jolla eristetään plasmidi-DNA bakteerisolusta. Verrattuna genomisen DNA: n eristämiseen, kokonaisprosessi on monimutkainen plasmidi-DNA: n eristämisessä.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on genomisen DNA: n eristäminen
3. Mikä on plasmidi-DNA: n eristäminen
4. Genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristämisen väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - genomisen DNA: n vs. plasmidi-DNA: n eristäminen taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on genomisen DNA: n eristäminen?

Genomisen DNA: n eristäminen on prosessi, jolla uutetaan organismin koko genomi-DNA. Tämä tietty prosessi käsittää kolme päätapahtumaa. Ne ovat solujen hajoamista tai ydinhajoamista, proteiinien hajoamista tai proteolyysiä ja genomisen DNA: n saostumista. Lyysivaihe voi vaihdella solutyypin mukaan. Koska prokaryooteissa on peptidoglykaanisoluseinä, ensimmäisen vaiheen tulisi olla soluseinämän hajoaminen. Toisaalta eukaryooteissa hajotusvaihe sisältää plasmamembraanin ja ydinkalvon hajoamisen DNA: n poistamiseksi ulkopuolelle. Sitä vastoin erityiset vaiheet ovat välttämättömiä kasvi- ja sienisolujen hajottamiseksi.

Kuvio 01: genomisen DNA: n eristäminen

Sen seurauksena, kun hajotusvaihe on valmis, lopulta DNA tulee supernatanttiin. Samaan aikaan proteiinien hajoaminen tapahtuu myös liuoksessa johtuen proteinaasi K: n lisäyksestä. Seuraava vaihe on erottaa genomi-DNA ja hajotetut proteiinit toisistaan. Siksi hajotetut proteiinit erottuvat saostamalla, jolloin genomisen DNA: n voi pysyä supernatantissa. Proteiinien saostamisen jälkeen genomi-DNA voidaan saostaa ja suspendoida uudelleen sopivaan puskuriin, kunnes se vaatii koetta..

Genomi-DNA, joka on lineaarinen DNA, sisältää kaikki organismin geneettiset tiedot. Toisin sanoen, genomi on elävän organismin perinnöllisyysmateriaali, joka vastaa kaikista solun rakenteellisista ja toiminnallisista toiminnoista. Se koostuu sekä koodaavista että ei-koodaavista DNA-sekvensseistä. Kun eristetään genomista DNA: ta, se sisältää organismin koko genomin.

Mikä on plasmidi-DNA: n eristäminen?

Plasmidi-DNA: n eristäminen on erityinen ja monimutkaisempi DNA-eristämisprosessi. Plasmidit ovat kromosomivälisiä DNA: ta, joita on läsnä useimmissa bakteerisoluissa. Ne ovat lepotilassa olevaa pyöreää DNA: ta, joka tukee bakteereja selviämään ankarissa ympäristöolosuhteissa. Plasmidi-DNA koostuu erityisistä resistentteistä geeneistä, jotka tarjoavat lisäetuja bakteereille, kuten antibioottiresistenssi, virulenssiominaisuudet ja toksiset ominaisuudet.

Kuvio 02: Plasmidi-DNA: n eristäminen

Plasmidi-DNA: n eristäminen sisältää myös kolme pääprosessia; solujen hajoaminen, proteinolyysi ja DNA: n saostuminen. Vaikka biokemiallinen eristämismekanismi on samanlainen kuin genomisen DNA: n eristäminen, prosessi on sitä monimutkaisempi. Solujen hajotusprosessi on tärkein prosessi tässä menettelyssä. Tärkeintä on, että genomista DNA: ta ja plasmidi-DNA: ta ei tule sekoittaa keskenään. Siksi plasmidin DNA-eristysmenetelmään sisältyy paljon lievempi hajotusprosessi. Siksi useimmissa plasmidi-DNA: n eristysmenetelmissä käytetään pesuainetta; natriumdodekyylisulfaatti solujen hajottamiseksi.

Mitkä ovat genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristämisen väliset yhtäläisyydet??

• Genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristäminen keskittyy organismin DNA: n uuttamiseen.
• Lisäksi molemmat seuraavat samaa kokonaisprosessia, joka sisältää solujen hajoamisen, proteiinien hajoamisen ja DNA: n saostumisen.
• Lisäksi tuloksena oleva molempien prosessien DNA on tärkeä loppuprosesseissa.
• Lisäksi molemmat eristysprosessit sisältävät vaiheet DNA: n puhdistamiseksi ja varastoimiseksi tietyissä varastointiolosuhteissa.
• Lisäksi proteinaasi K: ta käytetään molemmissa menetelmissä proteiinien hajottamiseksi.

Mikä on ero genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristämisen välillä?

Genomisen DNA: n eristäminen keskittyy kohdeorganismin kokonaisen genomisen DNA: n uuttamiseen, kun taas plasmidi-DNA: n eristäminen keskittyy vain plasmidi-DNA: n eristämiseen tietyistä bakteerilajeista. Siksi tämä on avainero genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristämisen välillä. Lisäksi menettelyssä on toinen ero genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristämisen välillä. Genominen DNA: n eristäminen on vähemmän monimutkainen menetelmä verrattuna plasmidi-DNA: n eristämiseen. Siksi, kun eristetään plasmidi-DNA: ta, on tarpeen ryhtyä varotoimenpiteisiin estämään genomisen ja plasmidi-DNA: n sekoittuminen toisiinsa.

Alla oleva infograohinen kertoo lisätietoja eroista genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristyksen välillä.

Yhteenveto - genomisen DNA: n vs. plasmidi-DNA: n eristäminen

DNA: n eristäminen on tärkeä prosessi molekyylibiologian tekniikoissa. DNA: ta on kahta tyyppiä, nimittäin genomi-DNA ja plasmidi-DNA (extra-kromosomaalinen DNA). Vaatimuksen perusteella jotkut toimenpiteet suoritettiin genomisen DNA: n eristämiseksi, kun taas jotkut toimenpiteet keskittyvät vain plasmidi-DNA: n eristämiseen bakteereista. Siksi kumpaankin prosessiin liittyvät vaiheet eroavat hiukan toisistaan. Kokonaisprosessi on kuitenkin sama molemmissa eristyksissä. Molempien prosessien eristetyllä DNA: lla on valtava käyttö loppupään prosesseissa, kuten kloonauksessa, geelielektroforeesissa ja polymeraasiketjureaktioissa. Genomisen DNA: n eristämisprotokollan lopussa organismin koko genominen DNA voidaan eristää lopputuotteena, kun taas plasmidi-DNA: n eristysprotokollan lopussa vastaavan bakteerin plasmidi-DNA voidaan eristää lopputuotteena. Siksi tämä on ero genomisen DNA: n ja plasmidi-DNA: n eristyksen välillä.

Viite:

1. ”DNA-UUTTAMINEN BAKTERISTA”. DNA-uutto bakteereista. Saatavilla täältä 

Kuvan kohteliaisuus:

1. ”DNA Extraction” - Joo Nath - Oma työ, (CC BY-SA 4.0) Commons Wikimedian kautta 
2. ”Plasmid miniprep” - kirjoittanut Retama - oma työ, (CC BY-SA 4.0) Commons Wikimedian kautta