Ero Exome ja Transcriptome välillä

Avainero - Exome vs Transcriptome
 

Geeni sisältää koodaavat ja ei-koodaavat alueet sen sisällä. Koodaavat sekvenssit tunnetaan eksoneina ja ei-koodaavat sekvenssit tunnetaan introneina. Geenieksonien nukleotidisekvenssi edustaa geenin geneettistä koodia spesifisen proteiinin syntetisoimiseksi. Siksi eksonit jäävät mRNA-molekyyliin. Genomin kokonais eksonialue tunnetaan nimellä exome, ja se on tärkeä osa genomia. Geenien geneettinen koodi muunnetaan mRNA-molekyylin geneettiseksi koodiksi, jota tarvitaan proteiinin tuotantoon. Koko solussa tai solupopulaatiossa kerrallaan transkriptoidut mRNA-molekyylit tunnetaan transkriptomeina. Keskeinen ero eksomeen ja transkriptioon on se eksome edustaa genomin eksonialueiden sekvenssejä sillä aikaa transkripomi edustaa solun tai kudoksen kokonais-mRNA: ta tietyllä hetkellä.

SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on Exome?
3. Mikä on transkripti
4. Vertailu rinnakkain - Exome vs Transcriptome
5. Yhteenveto

Mikä on Exome?

Geenit koostuvat eksoneista, introneista ja säätelysekvensseistä. Eksonit ovat geenialueita, jotka transkriptoidaan mRNA-sekvenssiin transkription aikana. Intronit ja muut ei-koodaavat alueet poistetaan transkription aikana. Eksonien nukleotidisekvenssi määrittelee geenin geneettisen koodin, joka syntetisoi spesifisen proteiinin, jota se koodaa. Vain eksonit pysyvät proteiinin mRNA: ssa. Genomin eksonien kokoelma tunnetaan organismin eksomina. Se edustaa genomin osaa, joka ekspressoituu geeneissä. Ihmisillä exomien osuus genomista on 1%. Se on ihmisen genomin proteiinia koodaava osa.

Kuva 01: Exome

Mikä on transkripti?

Transkriptio on kaikkien proteiinia koodaavien ja ei-koodaavien kopioiden (RNA) kokoelma tietyssä kudoksessa. Transkriptio edustaa koko geenien ilmentämien mRNA-molekyylien kokoelmaa solussa tai kudoksessa. Solun transkriptiota voidaan vaihdella toisen solutyypin transkriptomissa. Transkriptio on myös dynaaminen - se muuttuu ajan myötä vasteena sekä sisäisiin että ulkoisiin ärsykkeisiin. Jopa samassa kudoksessa tai samalla solutyypillä, transkriptio voi muuttua muutaman minuutin kuluttua.

Transkriptio eroaa organismin eksomeasta. Transkriptio sisältää vain ekspressoidut eksomekvenssit. Vaikka solun eksome pysyy samana, transkriptio eroaa solujen välillä, koska geeniekspressio ei ole sama kaikissa soluissa tai kudoksissa. Vain välttämättömät geenit ilmentyvät eri soluissa ja kudoksissa. Geeniekspressio on kudos- tai solutyyppikohtainen prosessi. Sitä säätelevät useat tekijät, mukaan lukien ympäristötekijät. Siksi transkriptio voi vaihdella ulkoisten ympäristöolosuhteiden mukaan.

Transkriptiota käytetään ennakkona proteomitutkimuksissa. Kaikki proteiinit ovat peräisin mRNA-sekvensseistä. Translaatiomuutokset voivat johtaa muutoksiin proteiineissa. Transkriptio tarjoaa kuitenkin tärkeitä perustietoja proteomitutkimuksille.

Kuvio 02: alkion kantasolujen transkriptio

Mitä eroa Exome ja Transcriptome ovat??

Exome vs Transcriptome
Exome on geenien proteiinia koodaavan alueen kokoelma.	Transkripti on kaikkien transkriboitujen RNA: n kokoelma, mukaan lukien mRNA.
Näyte
Exome tutkitaan käyttämällä DNA-näytettä.	Transkriptiota tutkitaan käyttämällä RNA-näytettä.
Opinto-menetelmä
Koko exome-sekvensointi on menetelmä exoman tutkimiseksi.	RNA-sekvensointi on menetelmä transkription tutkimiseksi.

Yhteenveto - Exome vs Transcriptome

Eksonit ovat geenien koodaavia sekvenssejä ja määrittävät proteiinien mRNA-sekvenssit. Näiden koodaavien sekvenssien (eksonien) kokoelma tunnetaan organismin eksomina. Geenit transkriptoidaan mRNA-molekyyleihin ennen proteiinien valmistusta. Solun tai kudoksen mRNA-molekyylien kokonaismäärä tiettynä ajankohtana tunnetaan transkriptomeina. Transkriptio edustaa geenejä, jotka ilmenevät aktiivisesti mRNA: ksi milloin tahansa. Transkriptio on solu- ja kudosspesifinen ja vaikuttaa ympäristöolosuhteisiin. Tämä on ero eksomeen ja transkriptioon.

Viitteet:
1.Sarah et ai, ”Kahdentoista ihmisen exomen kohdennettu vangitseminen ja massiivisesti rinnakkainen sekvensointi.” Nature. Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, 10. syyskuuta 2009. Web. 1. huhtikuuta 2017
2.Mutz et ai. ”Transkriptioanalyysi seuraavan sukupolven sekvensoinnilla.” Elsevier: Artikkelihakuri. N.p., syyskuu 2012. Web. 1. huhtikuuta 2017

Kuvan kohteliaisuus:
1. ”Pluripotenttisten solujen transkriptio”. Kirjoittanut Grskovic, M. ja Ramalho-Santos, M., pluripotentti transkripti (10. lokakuuta 2008), StemBook, toim. Kantasolujen tutkimusyhteisö, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Kuva 2 Pluripotenttisten solujen transkriptio.Grskovic, M. ja Ramalho-Santos, M., Pluripotentti transkriptio (10. lokakuuta 2008), StemBook, toim. Kantasolujen tutkimusyhteisö, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta