Ero Exome- ja RNA-sekvensoinnissa

Avainero - Exome vs RNA-sekvensointi
 

Nukleiinihapposekvensointi on tekniikka, joka määrittää nukleotidien järjestyksen tietyssä organismin DNA- tai RNA-fragmentissa. Sekvensointi on tärkeätä solun DNA- ja RNA-rakenteen tunnistamisessa ja tiettyjen geenien erottamisessa, jotka koodaavat funktionaalisia proteiineja; siten sekvensointia voidaan käyttää näiden geenien mutaatioiden ja geeniekspressioiden ymmärtämiseen. Sanger-sekvensointimenetelmä tai edistyneemmät seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmät ovat sekvensointimenetelmiä, joita käytetään yleisesti. Exome-sekvensointi on organismissa läsnä olevien kokonaisten eksonien tai koodaavien DNA-alueiden sekvensointia, kun taas RNA-sekvensointi on ribonukleiinihappojen (RNA) sekvensointimenettely.. Tämä on avainero eksomeen ja RNA: n sekvensoinnin välillä.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on Exome-sekvensointi
3. Mikä on RNA-sekvensointi
4. Exomen ja RNA-sekvensoinnin väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - Exome vs. RNA-sekvensointi taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on Exome-sekvensointi?

Exome on genomin osajoukko, joka koostuu tietyn organismin koodaavista geeneistä. Koodaavat geenit on nimetty eksoneiksi ja ne transkriptoidaan mRNA: ksi ja transloidaan sitten aminohapposekvensseiksi. Transkription jälkeisten modifikaatioiden aikana eukaryooteissa oleva RNA-silmukointimekanismi poistaa intronit (ei koodaavat alueet) ja eksonit pysyvät. Exome-sekvensointi tapahtuu kahdella päätekniikalla: ratkaisupohjainen ja matriisipohjainen.

Liuoksellisessa eksome-sekvensoinnissa DNA-näytteet fragmentoidaan käyttämällä joko restriktioentsyymejä tai mekaanista menetelmää ja denaturoidaan lämmöllä. Tässä tekniikassa biotinyloituja oligonukleotidikoettimia (syötti) käytetään selektiivisesti hybridisoitumaan genomin kohdealueiden kanssa. Sidontavaiheessa käytetään magneettisia streptavidiinihelmiä. Sitoutumista seuraa pesuvaihe, jossa sitoutumattomat ja kohdistamattomat sekvenssit pestään pois. Sitoutuneet kohteet monistetaan sitten käyttämällä polymeraasiketjureaktiota (PCR) ja sekvensoidaan sitten käyttämällä Sangerin sekvensointimenetelmiä tai seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoita.

Kuva 01: Exome-sekvensointi

Ryhmäpohjainen menetelmä on myös samanlainen kuin liuospohjainen menetelmä paitsi, että DNA-fragmentit sieppataan mikrotaulukkoon, ja sitten sitoutuminen ja pesuvaiheet seuraavat ennen sekvensointia.

Exome-sekvensointia käytetään monissa sovelluksissa, kuten sairauksien geneettisessä diagnosoinnissa, geeniterapiassa, uusien geenimerkkien tunnistamisessa, maataloudessa erilaisten hyödyllisten maatalouden piirteiden tunnistamiseksi ja kasvien jalostustoimenpiteissä.

Mikä on RNA-sekvensointi?

RNA-sekvensointi perustuu transkriptiin, joka on solun täydelliset transkriptit. RNA-sekvensoinnin päätavoitteet ovat luetteloida kaikki transkriptin lajit, mukaan lukien mRNA, ei-koodaava RNA ja pieni RNA, geenien transkription rakenteen määrittämiseksi ja kunkin transkriptin ilmentymistasojen kvantitoimiseksi kehityksen aikana. RNA-sekvensoinnin aikana sekvensointiin käytettiin aluksi hybridisaatiotekniikoita (jotka olivat komplementaarisia DNA: ta, joka oli johdettu kypsistä mRNA-sekvensseistä). RNA-sekvensointiin käytetään tällä hetkellä tarkempää ja edistyneempää läpimeno-tekniikkaa.

Kuvio 02: RNA: n sekvensointi

RNA-sekvensoinnissa näyte RNA: sta, joka voi olla kokonais-RNA tai fraktioitu RNA, muunnetaan sen komplementaariseksi DNA: ksi (cDNA) käyttämällä käänteistranskriptiota, ja valmistetaan cDNA-kirjasto. Jokainen cDNA-fragmentti on kiinnitetty adapteriin molemmin puolin (parin pään sekvensointi) tai toiselta puolelta (yhden pään sekvensointi). Nämä merkityt sekvenssit sekvensoidaan käyttämällä Sanger-sekvensointia tai seuraavaa sukupolvea, kuten eksome-sekvensointia.

Mitkä ovat samankaltaisuudet Exomen ja RNA-sekvensoinnin välillä??

• Lyhyitä valittuja fragmentteja tai koko DNA / RNA-sarjaa voidaan käyttää Exome- tai RNA-sekvensointiin.
• Sekvensoidut fragmentit säilyvät kirjastoissa.
• Sanger-sekvensointia tai Next Generation -sekvensointia voidaan käyttää.
• Molemmat ovat in vitro -sekvenssimenetelmiä.
• Sekvensoidut fragmentit voidaan määrittää fluoresoivilla leimoilla.

Mikä on ero Exome- ja RNA-sekvensointien välillä?

Exome vs. RNA-sekvensointi
Exome-sekvensointi on organismissa läsnä olevien kokonaisten eksonien tai koodaavien DNA-alueiden sekvensointi.	RNA-sekvensointi viittaa ribonukleiinihappojen (RNA) sekvensointimenettelyyn; transkripti.
Aloitusnäyte
Genomi-DNA on lähtötaso eksome-sekvensoinnista.	RNA on RNA-sekvensoinnin lähtönäyte.
Sävellys
Tämä sisältää vain koodaavia alueita kokonais-DNA: sta, joka tunnetaan nimellä Exons	Tämä sisältää RNA-mRNA / transkripti.
Jaksotus
Exome-sekvensoinnissa on kaksi päämenetelmää; ratkaisu- ja ryhmäpohjaiset tekniikat.	RNA-sekvensointi tehdään valmistamalla cDNA-kirjasto uuttamalla kokonais-RNA tai fragmentoitunut RNA.

Yhteenveto - Exome vs. RNA-sekvensointi

Exome on täydellinen sarja organismin koodaavia alueita, ja tekniikat, jotka liittyvät eksomien tarkan nukleotidijärjestyksen määrittämiseen, tunnetaan eksome-sekvensoinnina. RNA-sekvensointi on tekniikka, joka liittyy organismin RNA: n nukleotidijärjestyksen määrittämiseen. Tämä on ero eksomeen ja RNA-sekvensoinnin välillä.

Lataa PDF-versio Exome vs. RNA-sekvensoinnista

Voit ladata tämän artikkelin PDF-version ja käyttää sitä offline-tarkoituksiin lainaushuomautuksen mukaisesti. Lataa PDF-versio täältä Ero Exome- ja RNA-sekvensointien välillä

Viitteet:

1.Wang, Zhong, et ai. "RNA-Seq: vallankumouksellinen työkalu transkriptiikkaan." Luontoarvostelut. Genetiikka, Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, tammikuu 2009, saatavana täältä. Saavutettu 3. syyskuuta 2017.
2.Warr, Amanda, et ai. "Exome-sekvensointi: nykyiset ja tulevat näkymät." G3: Geenit | Genomit | Genetiikka, Amerikan genetiikkayhdistys, elokuu 2015, saatavana täältä. Saavutettu 3. syyskuuta 2017.

Kuvan kohteliaisuus:

1. ”Exome Sequencing Workflow 1a” - kirjoittanut Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) Commons Wikimedia -sivuston kautta
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” kirjoittanut SarahKusala - Oma työ (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta