Ero bentsonaasin ja DNaasin välillä

Avainero - bentsonaasi vs. DNaasi

Nukleiinihappojen hajoaminen on tärkeä monille molekyylibiologian tekniikoille. Sitä käytetään laajasti rekombinantti-DNA-tekniikassa DNA: n ja RNA: n toivomattomien fragmenttien poistamiseksi. Nukleiinihappoa hajottaville entsyymeille viitataan nukleaaseina, ja ne voivat olla erityyppisiä vaaditun toiminnan perusteella. Nukleaaseja, jotka hajottavat DNA: ta, kutsutaan DNaaseiksi, kun taas ne, jotka hajoavat RNA: ta, ovat tunnettuja RNaaseja. Näitä entsyymejä käytetään enimmäkseen in vitro kokeet missä sisään vitro molekyylitestit suoritetaan puhtaan DNA: n, RNA: n tai proteiinien eristämiseksi. Bentsonaasit ovat erään tyyppisiä nukleaaseja, jotka hajoavat sekä DNA: ta että RNA: ta, kun taas DNaasit hajoavat vain DNA: ta. Tämä on tärkein ero bentsonaasin ja DNaasin välillä.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on benzonase
3. Mikä on DNase
4. Bensanaasin ja DNaasin väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - Benzonase vs DNase taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on Benzonase?

Bentsonaasi on geneettisesti muokattu endonukleaasi Serratia marcescens. Tätä entsyymiä tuotetaan E. coli isännät teollisessa mittakaavassa. Bentsonaasi pystyy pilkkomaan kaksijuosteisen DNA: n, lineaarisen DNA: n, pyöreän DNA: n ja yksijuosteisen RNA: n. Siten bentsonaasi on kaupallisesti tärkeä. Bentsonaasientsyymi on proteiinidimeeri, jolla on 245 identtistä aminohappoa, ~ 30 kDa alayksiköillä, joilla on kaksi välttämätöntä disulfidisidosta. Bentsonaasi pilkkoo nukleiinihapot sen 5'-päässä ja johtaa fragmentteihin, joissa on vapaita 5'-päätä. Bentsonaasi voi pilkkoa nukleiinihappoja missä tahansa sekvenssissä, mutta suosii GC-rikkaita alueita.

Bentsonaasia varastoidaan -20 ° C: ssa ⁰C. Entsyymiaktiivisuuden optimaalisen pH: n havaitaan olevan 8,0 - 9,2. Bentsonaasin sovellutuksiin sisältyy näytteen valmistelu proteiini 2D -geelielektroforeesille, jossa bentsonaasi poistaa sitoutuneet nukleiinihapot ja nukleiinihappoaineiden poistamisen rekombinanttiproteiinivalmisteista. Sitä käytetään myös vähentämään proteiiniuutteiden viskositeettia ja estämään solujen kerääntyminen soluseokseen.

Mikä on DNase?

DNaasi on nukleaasi, hydrolyyttinen entsyymi, joka kykenee katkaisemaan vain kaksijuosteisen DNA: n. DNaaseja on kahta päätyyppiä: DNase I ja DNase II. DNaasi I osallistuu kaksijuosteisen DNA: n lohkaisuun polynukleotidien tuottamiseksi, joilla on 5'-vapaat päät. DNaasi II osallistuu kaksijuosteisen DNA: n lohkaisuun tuottamaan polynukleotidinauhoja, joissa on 3'-vapaat päät tai ulokkeet.

DNase I

DNase I toimii optimaalisessa pH: ssa välillä 7,0 - 8,0. Entsyymiaktiivisuus riippuu monista ionisista kofaktoreista, joihin sisältyy Ca²⁺, mg²⁺ tai Mn²⁺. Mg²⁺ ja Mn²⁺ päättää DNaasi I: n toiminnasta. Mg: n läsnä ollessa²⁺, DNaasi I katkaisee kunkin dsDNA-juosteen itsenäisesti. Tämä tapahtuu satunnaisella tavalla. Sitä vastoin Mn: n läsnä ollessa^2+, entsyymi katkaisee molemmat DNA-juosteet suunnilleen samassa paikassa. Tämä pilkkoutuminen johtaa kahden tyyppisten DNA-fragmenttien tuottamiseen; yksi tyyppi tylsillä päillä ja toinen tyyppi yhdellä tai kahdella nukleotidin ulokkeella.

Kuva 02: DNaasi

DNaasi II

DNase II toimii optimaalisessa pH-arvossa 4,5-5,0 ja sen aktiivisuudelle vaaditaan kaksiarvoisia metalli-ioneja, kuten DNase I: llä. DNase II: n mekanismin tiedetään koostuvan kolmesta päävaiheesta..

DNA-runkoon indusoidaan useita yhden juosteen katkoja.
Happoliukoisia nukleotideja ja oligonukleotideja tuotetaan.
Epälineaarinen hyperkromaattinen muutos tapahtuu viimeisessä vaiheessa.

Tärkeimpiä DNaasi-entsyymin estäjiä ovat metallikelaattorit, siirtymämetallit ja kemikaalit, kuten natriumdodekyylisulfaatti ja β-merkaptoetanoli..

DNaasin tärkeimpiä sovelluksia ovat DNA-vapaiden RNA-uutteiden ja proteiiniuutteiden valmistaminen ja templaatti-DNA: n poistaminen in vitro -kopiointikokeissa.

Mitkä ovat samankaltaisuudet benzonase ja DNase välillä?

Molemmat ovat hydrolyyttisiä entsyymejä.
Molemmat ovat nukleaaseja.
Molemmat osallistuvat katkaisemalla nukleiinihappojen fosfodiesterisidokset.
Molemmat vaativat optimaalisen pH: n ja varastointilämpötilat entsyymin aktiivisuuden ylläpitämiseksi.
Entsyymien estäjät sisältävät kelatoivia aineita, siirtymämetalleja ja pesuainekemikaaleja.
Sovellukset keskittyvät pääasiassa DNA: n, RNA: n ja proteiinien erittäin puhtaan uutteen saamiseen.
Molemmat entsyymit voidaan tuottaa geenitekniikan avulla.

Mikä on ero bentsonaasin ja DNaasin välillä?

Bentsonaasi vs. DNaasi
Bentsonaasi on entsyymi, joka pystyy pilkkomaan kaksijuosteisen DNA: n, lineaarisen DNA: n, pyöreän DNA: n ja RNA: n.	DNaasi on entsyymi, joka kykenee pilkkomaan kaksijuosteisen DNA: n.
Entsyymin alusta
Sekä DNA että RNA ovat substraatteja bentsonaasille.	DNA on substraatti DNaasille.
Rakenne
Bentsonaasin optimaalinen pH-alue on 7,0 - 8,0	DNaasi I: n optimaalinen pH-alue on 7,0 - 8,0 ja DNaasi II on 4,5 - 5,0.

Yhteenveto - Benzonase vs DNase

Nukleaasientsyymejä käytetään laajasti erilaisissa kokeellisissa menettelyissä molekyylibiologian ja geenitekniikan suhteen. Bentsonaasi ja DNaasi ovat kahta tyyppiä nukleaaseja. Bentsonaasi osallistuu sekä DNA: n että RNA: n hajottamiseen, kun taas DNaasi on mukana kaksijuosteisen DNA: n pilkkomisessa. Tämä on peruseros bentsonaasin ja DNaasin välillä. Tällä hetkellä molemmat nämä nukleaasityypit tuotetaan yhdistelmä-DNA-tekniikalla, joka tuottaa korkealaatuisempia entsyymejä, jotka on optimoitu maksimaaliseen tuotantoon.

Lataa PDF-versio Benzonase vs DNase -sovelluksesta

Voit ladata tämän artikkelin PDF-version ja käyttää sitä offline-tarkoituksiin lainaushuomautuksen mukaisesti. Lataa PDF-versio tästä Benzonase- ja DNase-ero

Viitteet:

1. ”Deoksiribonukleaasi I naudan haimasta D5025.” Sigma-Aldrich, saatavana täältä. Saavutettu 19. syyskuuta 2017.
2. ”Deoksiribonukleaasi II.” Deoksiribonukleaasi II - Worthington-entsyymikäsikirja, saatavana täältä. Saavutettu 19. syyskuuta 2017.

Kuvan kohteliaisuus:

1. ”DNA: n yliherkkä kohta”, kirjoittaneet Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et ai. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et ai. (2012) korrelaatio DNase I: n yliherkän paikan jakautumisen ja geeniekspression välillä HeLa S3 -soluissa. PLOS ONE 7 (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) Commons-Wikimedian kautta

Tiede ja luonto