Fat32 ja NTFS luotiin seuraamaan kiintolevyn kaikkia tiedostoja. Bill Gatesin ja Marc McDonaldin luoma Fat (File Allocation System) on näistä kahdesta vanhempi, ja se on käynyt läpi paljon muutoksia sen ensimmäisestä esiintymisestä vuonna 1977. Määrä tarkoittaa niiden bittien lukumäärää, joita tarvitaan seuraamaan tiedostot. Fat16 on ollut vakiona jo jonkin aikaa, kunnes kiintolevy, jonka kapasiteetti on yli 4 Gt, saapui markkinoille, jolloin Fat32 luotiin.
Toisaalta NTFS-tiedostojärjestelmä syntyi OS / 2: n käyttämästä HPFS-tiedostojärjestelmästä, joka on IBM: n ja microsoftin yhteistyö. Kun kauppa ei päässyt läpi, osa HPFS: n ominaisuuksista ilmestyi NTFS: ään, kun se ilmestyi Windows NT -ympäristölle. Se on sittemmin kehitetty ja ilmestyy uudemmassa Windows-versiossa, kuten XP, Vista, ja pian julkaistavaan Windows 7. Microsoft omistaa patentin NTFS: lle, joten se ei paljasta yksityiskohtia tiedostojärjestelmästä, joka tekee vain NTFS-asemia. luettavissa Windows-järjestelmiin pitkään, vaikka on jo joitain linux-toteutuksia, jotka kykenevät käyttämään NTFS-asemia, mutta ilman sen näkyviä ominaisuuksia.
Fat32 on hyvin yksinkertaistettu ja fluffivapaa järjestelmä, joka on myös erittäin dokumentoitu. Se ei oikeastaan paljoakaan tee mitään, lukuun ottamatta tiedostojen sijainnin seuraamista. Siksi siitä on tullut valittu tiedostojärjestelmä useimmille kannettaville tallennusvälineille, kuten flash-asemat, mp3-soittimet ja muistikortit.
NTFS-tiedostojärjestelmä on päinvastoin, ja tarjoaa useita parannuksia, jotka eivät vain paranna sen suorituskykyä, mutta myös sen turvallisuutta. Yksi niistä on läpinäkyvä tiedostopakkaus, joka pakkaa tiedoston automaattisesti levylle kirjoitettaessa. Tämä voi vapauttaa levytilaa, mutta tiedostojen lataaminen voi viedä jonkin aikaa. Toinen on levykiintiöt, joissa järjestelmänvalvoja voi määrittää, kuinka paljon levyä tietty käyttäjä voi käyttää.
Valinta NTFS- ja FAT32-tiedostojärjestelmien välillä on suhteellisen helppo tehtävä. Yksinkertaisesti sanottuna, NTFS on parempi vaihtoehto, kun haluat ottaa sen käyttöön Windows-tietokonejärjestelmässä. Ei vain nopeuden parannusten, vaan myös monipuolisten ominaisuuksiensa vuoksi. Se ei ole suositeltavaa kannettaville tallennusvälineille, koska useimmilla laitteilla ja muilla käyttöjärjestelmillä on vaikeuksia tai he eivät pysty suoraan käyttämään NTFS-asemia.