Prokaryoottisolujen koko on tyypillisesti halkaisijaltaan 0,2 - 2,0 mikrometriä, kun taas eukaryoottisolujen halkaisija on 10 - 100 mikrometriä..
Eukaryooteilla kutsutaan 'todellista ydintä', koska se sisältää kalvoon sitoutuneita ytimiä ja koostuu muista organelleista, kuten lysosomeista, Golgi-kompleksista, endoplasmisesta retikulumista, mitokondrioista ja kloroplasteista, kun taas prokaryooteilla ei ole ydinmembraania tai muita membraanin sulkemia organoleleja.
Prokaryooteissa flagellum on tehty kahdesta proteiinin rakennuspalikasta; ja soluseinämä on kemiallisesti monimutkainen ja valmistettu peptidoglykaanista (yksi suuri aminohappojen ja sokerin polymeeri), Â kun taas eukaryootien flagellum on monimutkaisempi useiden mikrotubulusten kanssa ja kun soluseinät ovat läsnä, ne ovat kemiallisesti yksinkertaisia.
Prokaryooteissa solunjako tapahtuu binaarifission kautta eikä meioosia tapahdu, vaan vain DNA-fragmenttien siirto tapahtuu konjugaation avulla. Solujen jakautuminen eukaryooteissa tapahtuu mitoosin kautta ja seksuaalinen lisääntyminen tapahtuu meioosin kautta.
Eukaryooteissa plasmamembraani koostuu steroleista ja hiilihydraateista. Sytoplasma koostuu sytoskeletoneista ja sytoplasminen virtaus on läsnä. Ribosomit ovat kooltaan suurempia (80S) ja pienempiä (70S), ja kromosomit ovat useita ja lineaarisesti järjestettyjä histoneilla. Eukaryoottien DNA on paljon monimutkaisempi kuin prokaryoottien DNA.
Prokaryooteissa plasmamembraani ei sisällä hiilihydraatteja tai steroleja. Sytoplasmassa ei ole sytosketetonin tai sytoplasmisen virtausta. Ribosomit ovat kooltaan pienempiä (70S) ja niissä on yksi pyöreä kromosomi, joka ei koostu histoneista.