Okazaki-fragmentit vs. jäljessä oleva osa
”Okazaki-fragmentit” ja “jäljellä oleva säie” ovat termejä, joita käytetään usein kemiassa. Olet luultavasti kuullut paljon okazaki-fragmentteista ja viivästyneestä säikeestä kemialuokassasi. No, se on vain, jos kuuntelet tarkoituksella professoriasi. Tämä artikkeli on kertaus siitä, mistä okazaki-fragmentit ja jäljellä oleva säie ovat kyse.
Okazaki-fragmentteista ja jäljellä olevasta juosteesta keskustellaan niin kauan kuin DNA: n replikaatio on kyse. Ensinnäkin DNA: n replikaatio määritellään biologiseksi prosessiksi, joka tapahtuu kaikissa elävissä organismeissa ja kopioi niiden DNA. DNA puolestaan on biologisen perinnön perusta.
DNA: n replikaation aikana muodostuu okazaki-fragmentteja. Nämä okazaki-fragmentit näyttävät suhteellisen lyhyiltä. Niitä pidetään lopputuotteina tai vasta syntetisoiduina DNA-fragmentteina, jotka muodostuvat jäljessä olevalle juosteelle. Yksinkertaisesti sanottuna, okazaki-fragmentit muodostuvat jäljessä olevalle juosteelle. Jäljellä oleva juoste määritellään DNA-juosteeksi, joka replikoituu epäjatkuvasti viiden jalan suunnasta kolmeen jalkaan. Viiden jalan kolmesta jalasta on suunta molekyylibiologiassa.
Okazaki-fragmentit ovat komplementaarisia jäljessä olevalle juosteelle. Ilman niitä ei muodostu lyhyitä, kaksijuosteisia DNA-osia. Jos aiomme määrittää okazaki-fragmenttien pituuden, ne vaihtelevat välillä 1 000 - 2 000 nukleotidia pitkät Escherichia colissa, eräänlainen bakteereja, joita esiintyy yleisesti lämminveristen organismien suolistossa. Okazaki-fragmentit mittaavat 100 - 200 nukleotidia pitkiä eukaryooteissa, eliöissä, joilla on monimutkaiset solurakenteet.
Jokainen okazaki-fragmentti erotetaan RNA-alukkeilla. Ja jos RNA-alukkeet poistetaan, entsyymi nimeltään ligaasi yhdistää okazaki-fragmentit toisiinsa vasta syntetisoidun komplementaarisen juosteen muodostamiseksi.
Kuten aiemmin olemme todenneet, okazaki-fragmentit ja jäljellä oleva säie täydentävät toisiaan. On kuitenkin toinen DNA-juoste, jolla on erittäin tärkeä rooli DNA-replikaatioprosessin aikana. Sitä kutsutaan johtavaksi juosteeksi. Jos jäljessä oleva nauha määritetään toistuvaksi epäjatkuvasti, johtava juoste menee päinvastaisesti. Sitä toistetaan jatkuvasti. Johtavan juosteen läsnäolo mahdollistaa kanta-kaksijuosteisen DNA: n purkamisen. Yksinkertaisesti sanottuna, johtavan säikeen tarjoama reitti on jatkuva.
DNA: n replikaation aikana säikeet tulisi sitoa viiteen jalkaan kolme jalkaa suuntaan. Jos johtava nauha on häiritsemätön tai jatkuva reitti, ongelmia ei tule. Mutta kun kyse on jäljellä olevasta juosteesta, koska se tulee DNA: n antiparalleliseen suuntaan, se ei voi olla jatkuva. Kompensoimiseksi jäljessä olevat juosteet tuotetaan lyhyinä säikeinä okazaki-fragmenttien komplementaarisella avulla. On melko normaalia, että DNA-juosteet kulkevat vastakkaisiin suuntiin, koska DNA: n rakenne on kaksoiskierre. Koska jäljellä oleva juoste on vastakkaiseen suuntaan, sen polymeraasi toimii työskentelemällä takaisin kohti replikaatiohaarukkaa ja lyhyinä kappaleina.
Kiwako Sakabe ja Reiji Okazaki löysivät okazaki-fragmentit ja muut niihin liittyvät DNA-replikaatioprosessit vuonna 1966. He olivat tehneet tutkimuksen Escherichia coli -bakteerin DNA-replikaatioprosessista..
Yhteenveto: