Ero samankaltaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien kohdistuksessa

avainero samankaltaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien kohdistamisessa on se samankaltaisuus on kahden sekvenssin välinen samankaltaisuus (samankaltaisuus), kun taas identiteetti on merkkien lukumäärä, jotka vastaavat tarkalleen kahden eri sekvenssin välillä.

Bioinformatiikka on monitieteinen tieteenala, johon kuuluvat pääasiassa molekyylibiologia ja genetiikka, tietotekniikka, matematiikka ja tilastot. Sekvenssien linjaus on tärkeä termi bioinformatiikassa. Se on menetelmä, jossa DNA: n, RNA: n tai proteiinin sekvenssit on järjestetty tunnistamaan samankaltaisia ​​alueita, mikä on seuraus sekvenssien toiminnallisesta, rakenteellisesta tai evoluutiosuhteesta. Kohdistuksen lopussa ne esitetään riveinä matriisin sisällä. Identtisten merkkien kohdistamiseksi peräkkäisissä värisoluissa jäännösten välillä on lisätty aukkoja.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on sekvenssien kohdistamisen samankaltaisuus?
3. Mikä on identiteetti sekvenssien kohdistuksessa?
4. Samankaltaisuuden ja identiteetin väliset yhtäläisyydet sekvenssien kohdistuksessa
5. Vertailu rinnakkain - samankaltaisuus vs. identiteetti sekvenssien kohdistuksessa taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on samankaltaisuus?

Samankaltaisuus sekvenssien kohdistamisessa on samankaltaisuutta kahden sekvenssin välillä verrattuna. Tämä tosiasia on riippuvainen sekvenssien identiteetistä. Samankaltaisuus kuvaa sitä, missä määrin tähteet ovat linjassa. Siksi samanlaisilla sekvensseillä on samanlaisia ​​ominaisuuksia. Bioinformatiikassa samankaltaisuus on työkalu kahden proteiinin välisen samankaltaisuuden arvioimiseksi.

Kuva 01: Sekvenssien kohdistuksen samankaltaisuus

Sekvenssien kohdistusprosessissa on kaksi päävaihetta. Alkuvaihe on paripohjainen kohdistus, joka auttaa löytämään optimaalisen kohdistuksen kahden sekvenssin välillä (mukaan lukien aukot) käyttämällä algoritmeja, kuten BLAST, FastA ja LALIGN. Sovitusalgoritmi löytää muokkaustoimintojen vähimmäismäärän; in-dels ja substituutiot yhden sekvenssin kohdistamiseksi toiseen sekvenssiin. Paripohjaisen kohdistuksen jälkeen on välttämätöntä saada kaksi kvantitatiivista parametria jokaisesta paripohjaisesta vertailusta. Ne ovat identiteettiä ja samankaltaisuutta.

Mikä on identiteetti?

Identiteetti sekvenssien kohdistuksessa on niiden merkkien lukumäärä, jotka vastaavat tarkalleen kahden eri sekvenssin välillä. Siksi aukkoja ei oteta huomioon identiteetin arvioinnissa. Mittauksen katsotaan olevan suhteellinen lyhyempaan sekvenssiin kahden sekvenssin välillä. Se merkitsee merkittävästi, että sillä on vaikutus, jossa sekvenssin identiteetti ei ole transitiivinen. Jos X = Y ja Y = Z, niin X ei välttämättä ole yhtä suuri kuin Z. Tämä johdetaan identiteettietäisyysmitan perusteella.

Kuva 02: Identiteetti sekvenssien kohdistuksessa

Esimerkiksi X: llä on AAGGCTT: n sekvenssi, Y: llä on AAGGC: n sekvenssi ja Z: llä on AAGGCAT: n sekvenssi. Identiteetti X: n ja Y: n välillä on 100% 5 identtistä nukleotidia / min [pituus (X), pituus (Y)]. Y: n ja Z: n identiteetti on myös 100%. Mutta identiteetti X: n ja Z: n välillä on vain 85% (6 identtistä nukleotidia / 7).

Mitkä ovat samankaltaisuuden ja identiteetin väliset yhtäläisyydet sekvenssien kohdistuksessa??

• Sekä samankaltaisuus että identiteetti ovat kaksi termiä, joita käytämme sekvenssien kohdistamisessa.
• Ne viittaavat myös kahden sekvenssin väliseen samankaltaisuuteen.
• Lisäksi ilmaisemme ne prosentteina.

Mikä on ero samankaltaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien kohdistuksessa??

Kohdistuksen samankaltaisuus kertoo samanlaisuudesta kahden sekvenssin välillä verrattuna, kun taas identiteetti sekvenssien kohdistuksessa kertoo merkkien määrän, jotka vastaavat tarkalleen kahden eri sekvenssin välillä. Siksi tämä on avainero samankaltaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien kohdistuksessa.

Yhteenveto - samankaltaisuus vs. identiteetti sekvenssien kohdistuksessa

Sekvenssien kohdistaminen auttaa tunnistamaan alueet, jotka muistuttavat DNA: ta, RNA: ta tai proteiinia ja jotka johtuvat sekvenssien toiminnallisesta, rakenteellisesta tai evoluutiosuhteesta. Siksi samankaltaisuus ja identiteetti ovat kaksi keskeistä termiä sekvenssien kohdistamisen yhteydessä. Avainero näiden kahden termin välillä on, että samankaltaisuus on kahden sekvenssin välinen samankaltaisuus verrattuna, kun taas identiteetti on merkkien lukumäärä, jotka vastaavat tarkalleen kahden eri sekvenssin välillä. Siksi tämä on yhteenveto sekvenssien kohdistamisen samankaltaisuuden ja identiteetin eroista.

Viite:

1. "Identiteetti ja samankaltaisuus - kvantitatiivinen mitta." Identiteetti ja samankaltaisuus - kvantitatiivinen mitta, saatavana täältä.
2. ”Sequence Alignment.” Järjestyskohdistus - Bioinformatics.Org Wiki, saatavana täältä.

Kuvan kohteliaisuus:

1. ”Tasauspohjainen ja kohdistamaton fylogeny” - kirjoittanut Kolekar Pandurang - Oma työ (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta
2. “BLAST näytteen lähtö” Fdardel - Oma työ (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta