Ero pohjoisen eteläisen ja lännen blottauksen välillä

Avainero - pohjoinen vs etelä vs. Western blotting
 

DNA: n, RNA: n ja proteiinien spesifisten sekvenssien havaitseminen on välttämätöntä molekyylibiologian erityyppisissä tutkimuksissa. Geelielektroforeesi on tekniikka, joka erottaa DNA: n, RNA: n ja proteiinit niiden koon mukaan. Geeliprofiileista havaitaan tietty DNA-sekvenssi, RNA-sekvenssi tai proteiini erityisillä tekniikoilla, joita kutsutaan blottaamiseksi ja hybridisaatioksi leimattujen koettimien kanssa. On olemassa kolme erityyppistä blottausmenetelmää, nimittäin eteläinen, pohjoinen ja länsimainen. Keskeinen ero pohjoisen eteläisen ja lännen blottauksen välillä on sen molekyylin tyypillä, jonka se havaitsee näytteestä. Southern-blottaus on menetelmä, joka havaitsee spesifisen DNA-sekvenssin DNA-näytteestä. Northern-blottaus on tekniikka, joka havaitsee spesifisen RNA-sekvenssin RNA-näytteestä. Western blotting on menetelmä, joka havaitsee spesifisen proteiinin proteiininäytteestä.

SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on Southern blotting
3. Mikä on Northern blotting
4. Mikä on Western blotting
5. Vertailu rinnakkain - pohjoinen vs etelä vs. Western blotting
6. Yhteenveto

Mikä on Southern blotting?

E. M. Southern kehitti Southern blotting -tekniikan vuonna 1975 spesifisen DNA-sekvenssin tunnistamiseksi DNA-näytteestä. Tämä on ensimmäinen molekyylibiologiassa käyttöön otettu blottaustekniikka. Se mahdollisti spesifisten geenien havaitsemisen DNA: sta, spesifisten fragmenttien DNA: sta jne. Etelä-blottaustekniikkaan liittyy useita vaiheita. Ne ovat seuraavat.

1. DNA eristetään näytteestä ja pilkotaan restriktioendonukleaaseilla.
2. Digestoitu näyte erotetaan agaroosigeelielektroforeesilla.
3. Geelin DNA-fragmentit denaturoidaan yksittäisiksi juosteiksi käyttämällä alkalista liuosta.
4. Yksijuosteinen DNA siirretään nitroselluloosan suodatinkalvoon kapillaarisiirrolla.
5. Siirtynyt DNA kiinnitetään kalvoon pysyvästi.
6. Kiinteä DNA kalvossa hybridisoidaan leimattujen koettimien kanssa.
7. Sitoutumaton DNA pestään pois kalvosta pesemällä.
8. Röntgenfilmi altistetaan kalvolle ja valmistetaan autoradiografia.

Southern-blottausta käytetään molekyylibiologian eri näkökohtiin. Se on hyödyllinen RFLP-kartoituksessa, rikosteknisissä tutkimuksissa, DNA-metylaatiossa geeniekspressiossa, mutatoituneiden geenien havaitsemisessa geneettisissä häiriöissä, DNA: n sormenjäljet ​​jne..

Kuva 01: Southern blotting -tekniikka

Mikä on Northern blotting?

Northern-blottaus on menetelmä, joka on suunniteltu spesifisen RNA-sekvenssin tai mRNA-sekvenssin havaitsemiseksi näytteestä geeniekspression tutkimiseksi. Tätä tekniikkaa kehittivät Alwine, Kemp ja Stark vuonna 1979. Se eroaa lisä- ja Western-blottaustekniikoista useiden vaiheiden vuoksi. Tämä tekniikka suoritetaan kuitenkin myös geelielektroforeesin, blottauksen ja hybridisaation avulla spesifisillä leimattuilla koettimilla ja detektiolla. Northern-blottaustekniikka suoritetaan seuraavasti.

1. RNA uutetaan näytteestä ja erotetaan geelielektroforeesilla.
2. RNA siirretään geelistä blottauskalvoon ja kiinnitetään.
3. Kalvoa käsitellään leimatulla koettimella, joka on valmistettu cDNA: sta tai RNA: sta (koetin on komplementaarinen näytteen spesifiselle sekvenssille).
4. Koetinta inkuboidaan kalvon kanssa sitoutuakseen spesifiseen sekvenssiin.
5. Sitoutumattomat koettimet pestään pois.
6. Hybridisoituneet fragmentit havaitaan autoradiografilla.

Northern-blottaus on tärkeä työkalu hybridisoituneen mRNA: n havaitsemiseen ja kvantifiointiin, RNA: n hajoamisen tutkimiseen, RNA: n puoliintumisajan arviointiin, RNA: n silmukoinnin havaitsemiseen, geeniekspression tutkimiseen jne..

Kuva 02: Pohjoinen blottaus

Mikä on Western blotting?

Western blotting on menetelmä spesifisen proteiinin havaitsemiseksi proteiiniseoksesta käyttämällä leimattua vasta-ainetta. Siksi Western blot tunnetaan myös nimellä immunoblottaus. Tämän tekniikan esitteli Towbin et ai vuonna 1979, ja se suoritetaan nyt rutiininomaisesti laboratorioissa proteiinianalyysia varten. Vaiheet ovat seuraavat.

1. Proteiinit uutetaan näytteestä
2. Proteiinit erotetaan koonsa perusteella käyttämällä polyakryyliamidigeelielektroforeesia
3. Erotetut molekyylit siirretään PVDF-kalvoon tai nitroselluloosakalvoon elektroporaation avulla
4. Kalvo estetään epäspesifisen sitoutumisen suhteen vasta-aineisiin
5. Siirtyneet proteiinit sitoutuvat primaariseen vasta-aineeseen (entsyymileimatut vasta-aineet).
6. Kalvo pestään epäspesifisesti sitoutuneiden primaarivasta-aineiden poistamiseksi
7. Sitoutuneet vasta-aineet detektoidaan lisäämällä substraatti ja havaitsemalla muodostunut värillinen sakka

Western-blottaus on hyödyllinen anti-HIV-vasta-aineiden havaitsemiseksi ihmisen seeruminäytteessä. Western blot -menetelmää voidaan käyttää myös vahvistuskokeena hepatiitti B -infektioon ja lopulliseksi testiksi hullun lehmän taudille.

Kuva 03: Western blotting

Mikä ero on pohjoisen eteläisen ja lännen blottauksen välillä?

Pohjoinen vs. etelä vs. läntinen blottaus
Havaitun molekyylin tyyppi
Pohjoinen blottaus	Northern blotting havaitsee spesifisen RNA-sekvenssin RNA-näytteestä.
Southern blotting	Southern-blottaus havaitsee spesifisen DNA-sekvenssin DNA-näytteestä.
Western blotting	Western blotting havaitsee spesifisen proteiinin proteiininäytteestä.
Geelityyppi
Pohjoinen blottaus	Tässä käytetään agaroosi / formaldehydigeeliä.
Southern blotting	Tässä käytetään agaroosigeeliä.
Western blotting	Tässä käytetään polyakryyliamidigeeliä.
Blottausmenetelmä
Pohjoinen blottaus	Tämä on kapillaarisiirto.
Southern blotting	Tämä on kapillaarisiirto.
Western blotting	Tämä on sähköinen siirto.
Käytetyt koettimet
Pohjoinen blottaus	cDNA- tai RNA-koettimet, jotka on merkitty radioaktiivisesti tai ei-radioaktiivisesti.
Southern blotting	DNA-koettimet on merkitty radioaktiivisesti tai ei-radioaktiivisesti.
Western blotting	Primaarisia vasta-aineita käytetään koettimina.
Tunnistusjärjestelmä
Pohjoinen blottaus	Tämä tehdään käyttämällä autoradiografia tai valon tai värimuutosten havaitsemista.
Southern blotting	Tämä tehdään käyttämällä autoradiografia, valon tai värimuutoksen havaitsemista.
Western blotting	Tämä tapahtuu valon tai värimuutosten havaitsemisen avulla.

Yhteenveto - pohjoinen vs etelä vs. Western blotting

Blottaus on erityinen tekniikka, joka on kehitetty spesifisen DNA: n, RNA: n tai proteiinin tunnistamiseksi näytteistä. Tietyntyyppisen molekyylin havaitsemiseksi on olemassa kolme erillistä blottausmenetelmää, nimittäin pohjoinen, etelä ja länsi. Northern blotting -tekniikka on suunniteltu havaitsemaan spesifinen RNA-sekvenssi RNA-seoksesta. Southern-blottaustekniikka mahdollistaa spesifisen DNA-sekvenssin havaitsemisen DNA-näytteestä ja Western blotting -tekniikka on kehitetty tunnistamaan tietty proteiini proteiiniseoksesta.

Viitteet
1. Gibbons, Janay. “Western Blot: yleiskatsaus proteiinin siirrosta.” Pohjois-Amerikan lääketieteellisten tieteiden lehti. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, maaliskuu 2014. Web. 27. maaliskuuta 2017
2. Brown, T. “Southern blotting.” Immunologian nykyiset protokollat. Yhdysvaltain lääketieteellinen kirjasto, toukokuu 2001. Verkko. 27. maaliskuuta 2017
3. Hän, Shan L. ”Northern blot”. Menetelmät entsymologiassa. Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, 2013. Web. 27. maaliskuuta 2017

Kuvan kohteliaisuus:
1. ”Northern Blot Scheme” kirjoittanut RNA405 - Oma työ (julkinen alue) Commons Wikimedian kautta
2. ”Western blot 114A” kirjoittanut Amanthabagdon - Oma työ (julkinen alue) Commons Wikimedian kautta