Ero Nick Translationin ja Primer Extension välillä

Keskeinen ero - Nick Translation vs Primer Extension
 

Nick-käännös ja alukkeen jatkaminen ovat kaksi tärkeää tekniikkaa, joita suoritetaan molekyylibiologiassa. Tärkein ero lempitranslaation ja alukkeen laajennuksen välillä on se nick-translaatioprosessi tuottaa leimattuja koettimia muille hybridisaatiotekniikoille sillä aikaa alukepidennysmenetelmä tunnistaa spesifisen RNA-sekvenssin seoksesta ja paljastaa tiedot mRNA: n ekspressiosta. Molemmilla tekniikoilla on suuri merkitys, ja niitä suoritetaan rutiininomaisesti molekyylitutkimuslaboratorioissa.

SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on Nick Translation
3. Mikä on Primer Extension
4. Vertailu rinnakkain - Nick Translation vs Primer Extension
5. Yhteenveto

Mikä on Nick Translation?

Nick-käännös on tärkeä tekniikka, jota käytetään leimattujen koettimien valmistukseen erilaisille molekyylibiologisille tekniikoille, kuten blottaukselle, in situ hybridisaatio, fluoresoiva in situ hybridisaatio jne. Se on in vitro menetelmä DNA-leimaamiseksi. DNA-koettimia käytetään spesifisten DNA- tai RNA-sekvenssien tunnistamiseen. Leimatun koettimen avulla spesifiset fragmentit voidaan merkitä tai visualisoida nukleiinihappojen monimutkaisesta seoksesta. Siksi leimatut koettimet valmistetaan käyttämällä erilaisia ​​tekniikoita käytettäväksi erilaisissa tekniikoissa. Nick-translaatio on yksi sellainen menetelmä, joka tuottaa leimattuja koettimia DNase 1: n ja DNA-polymeraasi 1 -entsyymien avulla.

Nick-translaatioprosessi alkaa DNase 1 -entsyymiaktiivisuudella. DNaasi 1 tuo esiin piikoja kaksijuosteisen DNA: n fosfaatti runkoon katkaisemalla fosfodiesterisidoksia nukleotidien välillä. Kun leima on luotu, nukleotidin vapaa 3'OH-ryhmä saadaan ja DNA-polymeraasi-1-entsyymi toimii siihen. DNA-polymeraasi 1: n 5 '- 3' eksonukleaasiaktiivisuus poistaa nukleotidit leikistä kohti DNA-juosteen 3'-suuntaa. Samanaikaisesti DNA-polymeraasi 1 -entsyymin polymeraasiaktiivisuus toimii ja lisää nukleotidejä korvaamaan poistetut nukleotidit. Jos nukleotidit oli leimattu, korvaaminen tapahtuu leimattuilla nukleotideilla ja se merkitsee DNA: n tunnistamista varten. Tätä vasta syntetisoitua leimattua DNA: ta voidaan käyttää koettimina erilaisissa hybridisaatioreaktioissa molekyylibiologiassa.

Kuva 01: Nick-käännösprosessi

Mikä on Primer Extension?

Alukkeen pidennys on tekniikka, jota käytetään spesifisen RNA-sekvenssin löytämiseen RNA-seoksesta ja mRNA-transkription 5'-pään paikantamiseksi. Sitä käytetään myös RNA: n rakenteen ja ekspression tutkimiseen. Alukkeen pidennysmenetelmä suoritetaan leimattuilla alukkeilla tai leimattuilla nukleotideillä. Jos käytetään leimattuja alukkeita, se sulkee pois tarpeen merkitä nukleotidit, joita käytetään cDNA: n synteesiin. Tässä tekniikassa on useita vaiheita. Se alkaa RNA: n uuttamisella näytteestä. Sitten seokseen lisätään leimattu oligonukleotidialuke tarvittavien aineosien kanssa spesifisen RNA-sekvenssin cDNA: n syntetisoimiseksi. Pohjustus hehkutetaan komplementaarisella sekvenssillä seoksesta. Käyttämällä alukkeella hehkutettua sekvenssiä templaattina, entsyymi käänteistranskriptaasi syntetisoi RNA-sekvenssin komplementaarisen DNA: n (cDNA). Alukkeen hehkutus ja käänteiskopiointi tapahtuvat vain, kun spesifinen RNA-sekvenssi on läsnä näytteessä. Lopuksi, kun suoritetaan denaturoiva geelielektroforeesi, RNA-sekvenssin koko voidaan määrittää. On myös helppo löytää mRNA (transkription aloituskohta) -sekvenssin +1-emäs alukepidennysmenetelmällä. Näytteessä olevan mRNA: n määrä voidaan määrittää tällä menetelmällä, jos käytetään ylimääräistä aluketta.

Kuva 02: Pohjamaalin jatke

Mitä eroa Nick Translationin ja Primer Extension välillä on??

Nick Translation vs Primer Extension
Nick-käännös on prosessi, joka luo leimattuja DNA-koettimia erilaisille hybridisaatioreaktioille.	Alukkeen pidennys on tekniikka, jota käytetään spesifisen RNA: n löytämiseen tai geeniekspression tutkimiseen.
Käytetyt entsyymit
Käytetään DNaasi 1- ja DNA-polymeraasientsyymejä.	Käytetään käänteistranskriptaasientsyymiä.
Merkitys
Nick-käännös helpottaa spesifisen DNA-sekvenssin merkitsemistä.	Alukkeen pidennys mahdollistaa spesifisen mRNA-sekvenssin koon ja näytteessä olevan määrän havaitsemisen.

Yhteenveto - Nick Translation vs Primer Extension

Nick-käännös on menetelmä, jota käytetään leimattujen koettimien syntetisointiin DNase 1: n ja E coli DNA-polymeraasi 1 -entsyymit. Se on in vitro menetelmä, jota käytetään laboratorioissa ennen erilaisia ​​hybridisaatiotekniikoita. Nick-translaation aikana DNA-polymeraasin 1 5'-3'-eksonukleaasiaktiivisuus poistaa nukleotidit ennen leimaa ja DNA-polymeraasi 1: n polymeraasiaktiivisuus korvaa poistetut nukleotidit leiman takana olevilla leimattuilla nukleotideillä. Alukkeen pidennys on menetelmä, jota käytetään havaitsemaan spesifinen RNA-transkripti seoksesta ja kvantifioimaan kiinnostuksen kohteena olevan RNA: n koko ja määrä. Tämä on ero lempitranslaation ja alukepidennysten välillä.

Viitteet
1. Reid, Alex. ”Nick Translation.” Springer. N.p., n.d. Web. 18. huhtikuuta 2017
2. ”Pohjustuslaajennus.” Kansallinen diagnostiikka. N.p., n.d. Web. 19. huhtikuuta 2017
3. Kuo, M. T. ja W. Plunkett. "Metafaasin kromosomien Nick-käännös: nukleaasi-yliherkkien alueiden merkitseminen in vitro kromosomeissa." Amerikan yhdysvaltojen kansallisen tiedeakatemian julkaisut. Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, helmikuu 1985. Web. 19. huhtikuuta 2017
4. Raymond et ai. "Yksinkertainen, kvantitatiivinen aluke-pidennys-PCR-määritys mikroRNA: ien ja lyhyitä häiriöitä aiheuttavien RNA: ien suoraa seurantaa varten." RNA. Tekijänoikeudet 2005, RNA Society, marraskuu 2005. Web. 19. huhtikuuta 2017

Kuvan kohteliaisuus:
1. “Primer Extension Assay” - kirjoittanut Jjnmmnjj - Oma työ (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta