Ero metagenomian ja metatranskriptin välillä

avainero metagenomian ja metatranskriptiikan välillä riippuu tutkittavista biomolekyyleistä, joita kullakin alueella tutkitaan. Metagenomiikka tutkii DNA: ta, sen sekvenssejä ja sen käyttäytymistä organismeissa, kun taas metatranskriptiikka tutkii transkriboitua DNA: ta, pääasiassa mRNA-sekvenssejä ja sen käyttäytymistä organismeissa.

Metagenomiikka ja meta-transkriptio ovat kaksi alaa, jotka ovat vuosien varrella saaneet paljon suosiota suhteessa mikrobiyhteisöön. Ne ovat tärkeitä terveydenhuollossa, teollisuudessa ja maatalouden bioteknologiassa. Sekä metagenomiikka että metatranskriptiikka mahdollistavat yksittäisten organismien tutkimuksen yhteisössä ja niiden toiminnalliset roolit, jotka ovat joko hyödyllisiä tai haitallisia.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on metagenomiikka 
3. Mikä on metatranskriptiikka
4. Metagenomian ja metatranskriptiikan väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu vertailussa - Metagenomiikka vs. metatranskriptiikka taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on metagenomiikka?

Metagenomiikka on tutkimusalue, joka tutkii deoksiribonukleiinihappoa (DNA). Se on eniten merkitystä mikrobiyhteisölle. Lisäksi se on edistyneempi kenttä verrattuna genomiikkaan. Genomiikassa tietyn organismin DNA: ta analysoidaan. Metagenomiaan sisältyy kuitenkin geneettisen materiaalin analysointi koko yhteisöorganismissa. Siten tämä antaa mahdollisuuden tutkia yhdessä tilassa tai yhdessä ympäristössä olevan organismiehistön käyttäytymistä.

Kuva 01: Metagenomiikka

Tärkein metagenomiikan tutkimuksiin liittyvä tekniikka on Next Generation Sequencing (NGS), joka käyttää mikrotaulukotekniikkaa. NGS-menetelmät voivat analysoida useita organismeja yhdessä reaktiossa spesifisten DNA-sekvenssien esiintymisen tai puuttumisen varalta. Nämä DNA-sekvenssit voivat olla vastuussa yhdestä tauti- tai ympäristöolosuhteesta. Siksi, käyttämällä metagenomista tietoa, organismien seulonta voidaan tehdä helposti ja tarkasti. Sekvensointi NGS: n aikana tapahtuu lyhyellä lukemalla ja organismien DNA: n profilointi tapahtuu. 16s: n DNA-sekvenssi on suosittu sekvenssi, jota on tutkittu metagenomiikassa koskien mikro-organismeja.

Organismiyhteisön sekvensoinnin jälkeen sekvenssien kohdistus tulisi suorittaa. Työkalut, kuten Basic Local Alignment Sequence -työkalu (BLAST), ovat käytössä suuntaustehtävän suorittamiseen. Kohdistuksen jälkeen fylogeneettinen puu tarjoaa kunkin organismin suhteet yhteisössä ja yksityiskohdat sen käytöksestä.

Mikä on metatranskriptiikka?

Metatranskriptiikka on tutkimusala, joka käsittelee organismin transkriptiota. Transkriptio muodostaa koko RNA-sekvenssin, joka on transkriptoitu DNA-transkription aikana. Transkriptomissa läsnä olevat mRNA-sekvenssit tarjoavat tietoa geneettisestä ekspressiosta. Metatranskriptiikka on monien transkriptomien analysointia populaatioiden tai yhteisöjen välillä.

Kuvio 02: Transkriptometrianalyysi

Metatranskriptiatutkimuksissa käytetään myös mikromatriisitekniikoita lyhyiden lukujonojen sekvenssien löytämiseen. Lisäksi metatranskriptiikka sisältää myös perusteellisen bioinformatiikan analyysin, jossa käytetään kohdistusvälineitä ja puiden suunnittelumenetelmiä. Metatranskriptiikan ala on kuitenkin paljon vaikeampi verrattuna metagenomiaan. MRNA: n tai RNA: n uuttaminen kokonaisuutena ei ole niin helppoa kuin miltä näyttää. Koska RNA on erittäin alttiina tuhoamiselle ja sillä on hyvin lyhyt elinaika, näiden ylläpito ja varastointi voisi olla mahdollinen kysely.

Mitkä ovat metagenomian ja metatranskriptiikan väliset yhtäläisyydet??

• Metagenomiikka ja metatranskriptiikka ovat korkean suorituskyvyn tekniikoita organismien, pääasiassa mikrobiyhteisöjen, analysoimiseksi.
• Molemmissa tekniikoissa käytetään mikromatriisitekniikkaa havaintojen johtamiseen.
• Saatuja tuloksia analysoidaan usein käyttämällä BLAST-kohdistusta ja fylogeneettisiä puita.
• Lisäksi molemmat tekniikat eivät keskity yhteen organismiin, vaan ryhmään tai yhteisöön kuuluviin organismeihin.
• Lisäksi molempia käsitteitä tutkitaan myös enimmäkseen suhteessa mikrobiin - pääasiallinen syy on niiden monipuoliset roolit.

Mikä on ero metagenomian ja metatranskriptiikan välillä?

Metagenomiaan ja metatranskriptiikkaan sisältyy geneettisen aineen analysointi organismien yhteisössä. Siksi metagenomiikka koskee DNA: n malleja ja sekvenssejä, kun taas metatranskriptiikka viittaa mRNA: n tai transkriboidun DNA: n analyysiin. Joten, tämä on keskeinen ero metagenomian ja metatranskriptiikan välillä.

Lisäksi uuttamismenettely eroaa molemmissa tekniikoissa; metagenomiikkaan sisältyy DNA-uuttamismenetelmiä ja metatranskriptiikkaan sisältyy RNA-uuttoprosesseja. Siksi tämä on myös merkittävä ero metagenomian ja metatranskriptiikan välillä.

Alla oleva infografia on yhteenveto metagenomian ja metatranskriptiikan eroista:

Yhteenveto - Metagenomics vs Metatranscriptomics

Metagenomiikka ja metatranskriptiikka ovat uusia tutkimusalueita, joissa analysoidaan organismien yhteisöä tietyssä tilassa. Siksi metagenomiikka viittaa DNA-sekvenssien analyysiin. Sitä vastoin metatranskriptiikka viittaa RNA-sekvenssien tai transkriboitujen DNA-tuotteiden analyysiin. Tässä suhteessa metatranskriptiikka mahdollistaa geeniekspression tunnistamisen tietyssä tapauksessa. Molemmat ovat tärkeitä mutaatioiden ja niiden vaikutusten analysoinnissa. Nämä ovat nopeita ja luotettavia tekniikoita, joita käytetään etukäteen diagnoosissa. Siksi tämä on yhteenveto metagenomian ja metatranskriptiikan erotuksesta.

Viite:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, et ai. "Metagenomiikka, metatranskriptiikka ja metaboliamenetelmät mikrobiomianalyysissä." Evolutionary Bioinformatics Online, LibertasAcademica, 12. toukokuuta 2016, saatavana täältä.

Kuvan kohteliaisuus:

1. “pcbi.1002808.g001” kirjoittanut Phylogeny Figures (CC BY 2.0) Flickrin kautta
2. ”Transcriptome fig 3”, kirjoittanut Danny556 (keskustelu) - itsetehty (C BY-SA 3.0) Flickrin kautta