Ero hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnissa

avainero hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnin välillä on se hierarkkisessa ampuma-aseiden sekvensoinnissa genomi hajotetaan suuremmiksi fragmenteiksi ennen sekvensointia, kun taas koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnissa koko genomi hajotetaan pieniksi fragmenteiksi sekvensointia varten.

Sekvensointi on tärkeä tekniikka molekyyliprosesseissa, erityisesti lajien tarkalla tunnistamisella. Itse asiassa se on tekniikka nukleotidien tarkan järjestyksen tunnistamiseksi geenissä tai genomissa. Sekvensointiin on monia tekniikoita. Joitakin näistä ovat Maxam Gilbert -menetelmä, Sanger-menetelmä ja automatisoitu Sanger-menetelmä.

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on hierarkkinen haulikon sekvensointi
3. Mikä on koko genomin haulikon sekvensointi
4. Hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnin väliset yhtäläisyydet
5. Vertailu rinnakkain - hierarkkinen vs. koko geenin haulikon sekvensointi taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on hierarkkinen haulikon sekvensointi?

Hierarkkinen haulikko-sekvensointi on yksi sekvensointimenetelmä. Sitä kutsutaan myös ”ylhäältä alas” -sekvensoinniksi. Lisäksi tämä menetelmä koostuu kahdesta vaiheesta: ensimmäinen vaihe on genomin monistaminen ja toinen vaihe on genomin fragmentointi. Tässä menetelmässä genomi leikataan ensin suuriksi fragmenteiksi. Sen jälkeen näitä suuria fragmentteja kloonataan erilaisiin isäntiin käyttämällä vektoreita tai keinotekoisia kromosomeja. Sitten nämä rekombinanttivektorit järjestetään kirjastoon. Haulikon sekvensoinnin aikana rekombinanttivektorikloonit sekvensoidaan yksittäin. Kloonien fragmentit läpikäyvät restriktiohajotuksen genomin koon pienentämiseksi edelleen, siten sekvensoimalla.

Kuva 01: Hierarkkinen haulikon sekvensointi

Hierarkkisen ampuma-aseiden sekvensoinnin aikana fragmenttien suuret palat on järjestettävä järjestyksessä ennen ampuma-aseiden sekvensointia. Se tapahtuu molekyylimarkkereiden avulla, jotka sisällytetään kloonausprosessin aikana.

Hierarkkinen haulikon sekvensointi luo matalan resoluution geenikartan. Mutta se luo tilatun sekvenssikartan. Siksi se vie pidemmän keston kuin suora sekvensointi. Koko prosessi viivästyy rekombinanttivektorikirjaston luomisen takia. Onko se myös työvoimavaltainen tekniikka. Tällä hetkellä tekniikka on kuitenkin automatisoitu työn helpottamiseksi.

Mikä on koko genomin haulikon sekvensointi?

Koko genomin ampuma-aseiden sekvensointi on yksivaiheinen sekvensointiprosessi. Tässä prosessissa koko genomin leikkaus tapahtuu ensin. Tämän jälkeen jokainen näistä pienistä fragmenteista sekvensoidaan satunnaisesti. Sekvensoinnin suorittamisen jälkeen sekvenssianalyysi tapahtuu. Sekvenssianalyysin aikana päällekkäiset sekvenssit poistetaan, ja analyysi ei ole tilattu prosessi. Siksi sekvenssien kokoaminen on vähemmän tehokas prosessi hierarkkiseen ampuma-aseiden sekvensointiin verrattuna. Koko genomin ampuma-aseiden sekvensointiprosessi on kuitenkin nopeampi ja koko genomin analysointi voi tapahtua yhdessä tapauksessa.

Mitkä ovat samankaltaisuudet hierarkkisen ja koko geenin ampuma-aseiden sekvensoinnin välillä??

• Hierarkkinen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensointi ovat kaksi sekvensointimenetelmää.
• Molemmille tehdään Sanger-sekvensointi tai automatisoidut Sanger-sekvensointimenetelmät.
• Ne osallistuvat DNA- ja RNA-fragmenttien sekvensointiin.
• Lisäksi molemmat menetelmät ovat tärkeitä molekyylidiagnostiikassa ja tutkimustarkoituksissa.
• Tällä hetkellä molemmat tekniikat ovat automatisoituja tai tietokonepohjaisia.
• Molemmat tekniikat luottavat genomin pirstoutumiseen.

Mikä on ero hierarkkisen ja koko geenin ampuma-aseiden sekvensoinnissa??

Hierarkkinen haulikko-sekvensointi tuottaa suuremman koon fragmentteja verrattuna koko genomin ampuma-aseiden sekvensointiin, joka toimii sekvenssien pienillä fragmentteilla. Joten, tämä on avainero hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnin välillä. Lisäksi hierarkkinen haulikon sekvensointi koostuu kahdesta päävaiheesta, kun taas koko genomin haulikon sekvensointi perustuu yhteen päävaiheeseen.

Lisäksi erona hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnissa on, että resoluutio on suurempi koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnissa verrattuna hierarkkiseen ampuma-aseiden sekvensointiin.

Alla oleva infografia esittää yhteenvedon hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnin välisestä erotuksesta.

Yhteenveto - Hierarkkinen vs. koko geenin haulikon sekvensointi

Hierarkkinen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensointi ovat kaksi tekniikkaa suurten genomien sekvensoimiseksi. Hierarkkinen haulikko-sekvenssi on kaksivaiheinen sekvensointiprosessi, jossa genomi hajoaa suuremmiksi fragmenteiksi. Sitä vastoin koko genomin haulikko-sekvensointi on yksivaiheinen sekvensointi, jossa genomi hajoaa pieniksi fragmenteiksi ja sekvensoidaan suoraan. Siksi tämä on avainero hierarkkisen ja koko genomin ampuma-aseiden sekvensoinnin välillä. Lisäksi tekniset näkökohdat voivat vaihdella kahden tekniikan välillä.

Viite:

1. Waterston, Robert H, et ai. "Ihmisen perimän sekvensoinnista." Amerikan yhdysvaltojen kansallisen tiedeakatemian julkaisut, The National Academy of Sciences, 19. maaliskuuta 2002, saatavana täältä.
2. Pal, Shital. "Genomisekvensointi." LinkedIn SlideShare, 4. marraskuuta 2014, saatavana täältä.

Kuvan kohteliaisuus:

1. ”Koko genomin haulikko-sekvensointi vs. hierarkkinen haulikko-sekvensointi”, kirjoittanut Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - “Laskennalliset biologiset menetelmät ja niiden soveltaminen hyönteisten endosellulaaristen symbioottisten bakteerien vertailevaan genomiikkaan.” Biol. Menettelyt verkossa (2009). Pääsee SpringerImagesin (CC BY-SA 2.5) kautta Commons Wikimedian kautta