Ero BLASTin ja FastA n välillä

avainero välillä BLAST ja FastA on se BLAST on perustason kohdistustyökalu, joka on saatavana Kansallisen bioteknologian tietosivustolta, kun taas FastA on samankaltaisuudenhakutyökalu, joka on saatavana European Bioinformatics Institute -sivustolla.

BLAST ja FastA ovat kaksi ohjelmistoa, jota käytetään laajasti eri lajien DNA: n, aminohappojen, proteiinien ja nukleotidien biologisten sekvenssien vertaamiseen ja niiden samankaltaisuuksien etsimiseen. Nämä algoritmit kirjoitettiin pitäen nopeuden mielessä. Koska kun tutkijat pystyivät eristämään DNA: n laboratoriossa 1980-luvun puolivälissä, se herätti tarvetta vertailla ja löytää identtisiä geenejä jatkotutkimuksille suurella nopeudella. Siksi nämä kaksi ohjelmistoa kehitettiin siten, että käyttäjä voi nopeasti etsiä samanlaisia ​​sekvenssejä kyselysekvenssiensä kanssa..

BLAST on lyhenne sanasta Paikallisen linjauksen hakutyökalu ja käyttää paikallista lähestymistapaa vertaamalla kahta sekvenssiä. FastA on Fast A: ta kuvaava ohjelmisto, jossa A tarkoittaa kaikkia. Tässä ohjelmisto toimii aakkosten kanssa, kuten Fast A DNA-sekvensointiin ja Fast P proteiiniin. Sekä BLAST että FastA vertailevat erittäin nopeasti mitä tahansa genomitietokantaa ja ovat siksi erittäin kannattavia rahallisesti sekä ajankäytössä..

SISÄLLYS

1. Yleiskatsaus ja keskeiset erot
2. Mikä on BLAST
3. Mikä on FastA
4. Yhdenmukaisuudet BLASTin ja FastA: n välillä
5. Vertailu rinnakkain - BLAST vs FastA taulukkomuodossa
6. Yhteenveto

Mikä on BLAST?

BLAST on yksi yleisimmin käytetyistä bioinformatiikan ohjelmistoista, joka kehitettiin vuonna 1990. Siitä lähtien se on kaikkien saatavissa NCBI-sivustolla. Lisäksi kuka tahansa voi käyttää tätä ohjelmistoa ja käyttää sitä. Lisäksi BLAST on ohjelmisto, joka tarvitsee tulotietoja tai sekvenssejä FastA-muodossa. Mutta se antaa tulostetiedot vain teksti-, HTML- tai XML-muodossa. BLAST toimii periaatteella etsimällä paikallisia yhtäläisyyksiä kahden sekvenssin välillä ja luetteloimalla samanlaisia ​​sekvenssejä, ja sen jälkeen se etsii naapurimaiden yhtäläisyyksiä.

Kuva 01: BLAST-tulokset

Siksi tämä ohjelmisto etsii suurta määrää samanlaisia ​​paikallisia alueita ja antaa tuloksen kynnysarvon saavuttamisessa. Tämä prosessi eroaa kuitenkin aikaisemmasta ohjelmistosta, joka etsii ensin koko sekvenssin ja sitten suorittaa vertailun, ja siten vei paljon aikaa.

Edellä mainitun samankaltaisuuden tarkistuksen lisäksi BLASTilla on monia muita käyttötapoja, kuten DNA-kartoitus, kahden samanlaisen geenin vertaaminen eri lajeissa, fylogeneettisen puun luominen jne..

Mikä on FastA?

FastA on proteiinisekvenssien kohdistusohjelma. David J. Lipman ja William R. Pearson kuvasivat tätä ohjelmistoa vuonna 1985. Vaikka tämän ohjelmiston alkuperäisenä käytönä oli vertailla vain proteiinisekvenssejä, sen modifioitu versio kykeni vertaamaan myös DNA-sekvenssejä. Tässä ohjelmistossa käytetään periaatetta löytää kahden sekvenssin välinen samankaltaisuus tilastollisesti. Se vastaa DNA: n tai proteiinin yhtä sekvenssiä toisella sekvenssillä paikallisen sekvenssin kohdistusmenetelmällä.

Kuva 02: FastA

Se etsii kuitenkin paikallisia alueita samankaltaisuuden suhteen, mutta ei parhainta vastaavuutta kahden sekvenssin välillä. Koska tämä ohjelmisto vertaa paikallisia yhtäläisyyksiä toisinaan, se voi löytää myös epäsuhta-arvoja. Sarjassa FastA ottaa pienen osan, joka tunnetaan nimellä k-tuples, jossa tuples voivat olla 1-6 ja vastaavat toisen sekvenssin k-tuples. Sovitusprosessin lopussa, kun se saavuttaa kynnysarvon, se tuottaa tuloksen.

Mitkä ovat BLASTin ja FastA: n väliset yhtäläisyydet??

• BLAST ja FastA ovat bioinformatiikan työkaluja, joita käytetään vertaamaan proteiini- ja DNA-sekvenssejä yhtäläisyyksien suhteen.
• Lisäksi molemmat ohjelmat käyttävät pisteytysstrategiaa vertailla sekvenssejä.
• Lisäksi molemmat työkalut tuottavat erittäin tarkkoja tuloksia.

Mikä ero on BLAST- ja FastA-laitteiden välillä?

BLAST on työkalu biologisten sekvenssien samankaltaisuuden tarkistamiseen. Toisaalta, FastA on toinen ohjelma, joka helpottaa proteiini- ja DNA-sekvenssien samankaltaisuuden tarkistamista. Verrattuna FastA: han, BLAST-ohjelmisto on kuitenkin erittäin suosittu, koska se tuottaa tarkempia ja nopeampia tuloksia. Tästä syystä tämä ero on BLASTin ja FastA: n välillä. Lisäksi, toisin kuin FastA, BLAST-ohjelmaa voidaan muokata käyttäjän tarpeiden mukaan. Siksi tämä on toinen ero BLASTin ja FastA: n välillä.

Seuraava infographic BLAST- ja FastA-erojen välillä tarjoaa lisätietoja.

Yhteenveto - BLAST vs FastA

BLAST ja FastA ovat kaksi ohjelmaa, joiden avulla käyttäjä voi verrata kyselyjaksoaan olemassa olevien tietokantojen sekvensseihin ja tarkistaa yhtäläisyydet. FastA: n alkuperäinen tarkoitus oli verrata vain proteiinisekvenssejä. Tämän ohjelmiston modifioitu versio kuitenkin helpottaa sekä proteiini- että DNA-sekvenssien vertailua. Vaikka FastA on hyvä ohjelmisto, useimmat ihmiset käyttävät BLAST-kohdistustyökalua, koska se on suositumpi ja tuottaa tarkempia ja nopeampia tuloksia kuin FastA. Lisäksi BLAST-työkalu on muokattavissa käyttäjän vaatimusten mukaan. Lyhyesti, tämä yhteenveto ero BLAST ja FastA.

Viite:

1.Madden, Thomas. “BLAST-sekvenssianalyysityökalu.” Nykyiset neurologian ja neurotieteen raportit., Yhdysvaltain kansallinen lääketieteellinen kirjasto, 15. maaliskuuta 2013. Saatavana täältä 

Kuvan kohteliaisuus:

1. ”CCDC132 räjähdystulokset” kirjoittanut NCBI Blast - NCBI räjähdys, (julkinen alue) Commons Wikimediassa  
2. ”FAM149A-promoottorialue (FASTA-muoto)” LarsonGCD - Oma työ, (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta